| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,795,052 | C→T | 5.1% | G63D (GGC→GAC) | PP_2442 ← | DUF480 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,795,052 | 0 | C | T | 5.1% | 944.4 / 24.1 | 293 | G63D (GGC→GAC) | PP_2442 | DUF480 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (141/137); new base T (8/7); total (149/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
GCGGGCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATGCTG > NC_002947/2794903‑2795201 | gCGGGCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGc < 2:2254254/150‑1 (MQ=255)gCGGGCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGc < 2:1233626/150‑1 (MQ=255) gggCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCg > 2:334158/1‑150 (MQ=255) ggCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGa < 1:3223901/150‑1 (MQ=255) gCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGAc > 2:3375422/1‑150 (MQ=255) cccGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCt < 1:4045795/150‑1 (MQ=255) aGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCt < 2:314768/150‑1 (MQ=255) ggAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCtt < 2:1502402/150‑1 (MQ=255) gAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTg > 1:3651484/1‑150 (MQ=255) aaCATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTgg < 1:2481072/150‑1 (MQ=255) aaCATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCTTgc < 2:4786560/150‑2 (MQ=255) aCATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGGTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGTCCTTggg < 2:6401264/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGa < 2:6607974/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGa > 1:6013571/1‑150 (MQ=255) aGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAgg > 1:1166621/1‑150 (MQ=255) ggCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGt < 1:3518988/150‑1 (MQ=255) gCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGtt > 1:2978280/1‑150 (MQ=255) tCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTtcatca > 2:2898243/1‑150 (MQ=255) 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aCTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTcgc > 1:5028286/1‑150 (MQ=255) tGGCACAAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGAAGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTAAGAGGGCGCGCAAGGCCTCGCAGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTgga > 2:3394321/1‑149 (MQ=255) gCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtct > 1:5681975/1‑150 (MQ=255) cACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtctt > 1:3385411/1‑150 (MQ=255) cACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtctt > 1:90721/1‑150 (MQ=255) aCCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtcttc > 2:180797/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtcttct < 1:847152/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtcttct > 2:2412055/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtcttct < 2:6801312/150‑1 (MQ=255) aGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTgg > 1:6478846/1‑150 (MQ=255) tCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTg > 1:1448323/1‑150 (MQ=255) tCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTg > 1:937422/1‑150 (MQ=255) ccTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCa < 1:4710953/150‑1 (MQ=255) cTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAg < 2:4974006/150‑1 (MQ=255) ttGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAgg > 1:6548961/1‑150 (MQ=255) 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gCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGAt < 1:4127858/150‑1 (MQ=255) ccTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCa < 1:2591867/150‑1 (MQ=255) cTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCAGTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAg > 2:3547897/1‑150 (MQ=255) cTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGc > 1:4813319/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGcc > 2:6047188/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCGGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGcc < 2:2048590/150‑1 (MQ=255) ttCGAGGGCGCGCAAGGCCTGACCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGcc > 2:3693949/1‑150 (MQ=255) cGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCga < 1:6516663/150‑1 (MQ=255) gggCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGaa > 2:5697306/1‑150 (MQ=255) cctcacccAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCTTGCGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGaa > 1:2645999/8‑150 (MQ=255) tcacccAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAAcg > 2:4244925/6‑150 (MQ=255) tcacccAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCTTGCGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAAcg > 2:5447108/6‑150 (MQ=255) cgcAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCgg < 2:6103639/150‑1 (MQ=255) cgcAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCgg < 2:2651117/150‑1 (MQ=255) cccAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCgg > 2:4384586/3‑150 (MQ=255) cAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGAt > 1:3730409/1‑150 (MQ=255) aaGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGAtc > 1:4197273/1‑150 (MQ=255) aGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCAAGAACGCGGAtct < 1:5958930/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCg > 1:5451908/1‑150 (MQ=255) tGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATg < 2:594495/150‑1 (MQ=255) tGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATg < 2:2978280/150‑1 (MQ=255) ggCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATGc < 2:5774781/150‑1 (MQ=255) | GCGGGCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATGCTG > NC_002947/2794903‑2795201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |