| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,795,055 | A→G | 5.1% | V62A (GTC→GCC) | PP_2442 ← | DUF480 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,795,055 | 0 | A | G | 5.1% | 961.7 / 23.2 | 294 | V62A (GTC→GCC) | PP_2442 | DUF480 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (138/141); new base G (8/7); total (146/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
GGCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATGCTGTT > NC_002947/2794906‑2795203 | gCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGAc < 1:2105463/150‑1 (MQ=255) cccGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCACCGGCGCTGGCACCAGCTCCAGGGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCt < 1:2915093/150‑1 (MQ=255) ggAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCtt < 2:1502402/150‑1 (MQ=255) aaCATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTgg < 2:1770338/150‑1 (MQ=255) aaCATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTgg < 2:12215/150‑1 (MQ=255) aaCATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCAGGTCGGCCAGGCCTTgc < 2:4786560/150‑2 (MQ=255) aCATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGGTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGTCCTTggg < 2:6401264/150‑1 (MQ=255) cATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGt < 1:2589781/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGa > 1:6013535/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGa > 1:6463624/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGa < 2:6607974/150‑1 (MQ=255) gCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGtt > 1:2978146/1‑150 (MQ=255) gCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCAGGTCGGCCAGGcc > 1:826077/1‑138 (MQ=255) tCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTtcatca > 2:2898243/1‑150 (MQ=255) tCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTtcatca > 2:232863/1‑150 (MQ=255) cACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCgg < 1:5109475/150‑1 (MQ=255) aCCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGc > 1:2636942/1‑150 (MQ=255) ccAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCt > 1:5748/1‑150 (MQ=255) cAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTc > 1:407765/1‑150 (MQ=255) aaCTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTcg > 2:374119/1‑150 (MQ=255) aaCTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTcg > 2:1886087/1‑150 (MQ=255) aCTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTcgc > 2:2660205/1‑150 (MQ=255) aCTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTcgc > 1:5028286/1‑150 (MQ=255) tGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCgg < 1:3877190/150‑1 (MQ=255) cgcTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCt > 2:2344285/1‑150 (MQ=255) gcTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCCATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTg < 1:676777/150‑1 (MQ=255) gCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtct > 1:5681975/1‑150 (MQ=255) gCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtct > 1:922381/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtcttct < 2:6801312/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGtcttct > 1:3472264/1‑150 (MQ=255) gCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGt > 2:459602/1‑150 (MQ=255) tCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTg < 1:232863/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCa < 1:333048/150‑1 (MQ=255) 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aCCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAgg < 2:3424023/150‑1 (MQ=255) aCCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAgg < 2:6151843/150‑1 (MQ=255) aCCCGATGGTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAgg < 2:4286671/150‑1 (MQ=255) aTGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCAtt > 1:1763309/1‑150 (MQ=255) gTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGa < 2:1445820/150‑1 (MQ=255) 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ccTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCa < 1:2417103/150‑1 (MQ=255) ccTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAg < 1:1656905/150‑1 (MQ=255) cTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGc > 1:4813319/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGcc > 2:6047188/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGcc > 2:3345317/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGcc > 1:769295/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGcc > 1:3686921/1‑150 (MQ=255) ttCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCGGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGcc < 2:2048590/150‑1 (MQ=255) tCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCg > 1:6255017/1‑150 (MQ=255) cGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCga < 1:379856/150‑1 (MQ=255) 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ccGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATGCTg < 1:1872752/150‑1 (MQ=255) ccGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATGCTg < 1:6540317/150‑1 (MQ=255) | GGCCCCGCAGGAACATCAGGCCCATCAGCACCAACTGCGCTGGCACCAGCTCCAGTGCCTTGTCTACCCGATGTTCCCAGCGGTCGGCACGGCTGCCCATCTGCAGGCGGGTCATGCCCTGACCTTCGAGGGCGCGCAAGGCCTGGCCGACCTGGCCTTGGGTGAGGTTCATCACCGGCTCGCGGCTGGTCTTCTGGTTGCAGGCCAGGACCAGGGCATTGAGGGTCAGCGGGTAGCTTTCCGGGCTGGTGGCCTGCTTTTCGATCAGCGAGCCGAGAACGCGGATCTCGATGCTGTT > NC_002947/2794906‑2795203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |