Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,876,006 | 0 | T | A | 5.0% | 821.8 / 21.1 | 238 | intergenic (+321/‑209) | PP_2522/PP_2524 | transposase/HD domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (125/101); new base A (3/9); total (128/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
GGTCGGTGTTCTGATCAGCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGCTCTCTGTACTTGCCCAG > NC_002947/2875857‑2876155 | ggTCGGTGTTCTGATCAGCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACC‑TGCTGt > 2:3899271/1‑150 (MQ=255) tCGGTGTTCTGATCAGCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACC‑TGCTGTCa < 1:1504694/150‑1 (MQ=255) tCGGTGTTCTGATCAGCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACC‑TGCTGTCa < 1:3779347/150‑1 (MQ=255) 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tGATATCTCGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAg < 1:1889303/150‑1 (MQ=255) tGATATCTCGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAg > 1:424657/1‑150 (MQ=255) tctcGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctct > 1:1071485/1‑150 (MQ=255) tctcGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctct < 1:4610613/150‑1 (MQ=255) ctcGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctctc > 1:2640620/1‑150 (MQ=255) tcGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctctct > 1:3218730/1‑150 (MQ=255) tcGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctctct < 2:4172807/150‑1 (MQ=255) tcGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctctct > 1:6758148/1‑150 (MQ=255) cGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGCTCTCTg > 1:3644692/1‑150 (MQ=255) cGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGCTCTCTg < 1:6118414/150‑1 (MQ=255) 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tCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGCTCTCTGTACTTGCCCAg < 2:6757725/150‑1 (MQ=255) | GGTCGGTGTTCTGATCAGCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACC‑TGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGCTCTCTGTACTTGCCCAG > NC_002947/2875857‑2876155 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |