| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,886,348 | C→A | 6.4% | intergenic (+22/+32) | PP_2535 → / ← PP_2536 | transport protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,886,348 | 0 | C | A | 6.4% | 992.8 / 40.4 | 295 | intergenic (+22/+32) | PP_2535/PP_2536 | transport protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/145); new base A (6/13); total (137/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
ATGCGGGGCTGGGCTACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAACCAGCGGTTG > NC_002947/2886199‑2886497 | aTGCGGGGCTGGGCTACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGcc < 1:5249296/150‑1 (MQ=255) gCGGGGCTGGGCTACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCtt < 2:1670998/150‑1 (MQ=255) cGGGGCTGGGCTACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTg < 1:1554717/150‑1 (MQ=255) ggggCTGGGCTACCCGGCAATGTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTgc < 2:6013080/150‑1 (MQ=255) ggctgggctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTgcgc < 1:2974272/150‑1 (MQ=255) gggctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCCGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCt < 2:1599232/150‑1 (MQ=255) ggctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTc > 1:1417508/1‑150 (MQ=255) ggctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTc > 2:2385719/1‑150 (MQ=255) ggctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTc < 2:3201105/150‑1 (MQ=255) ggctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCAAGGCGccccaa < 1:3131755/150‑3 (MQ=255) gctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCAAGGCGccccaag < 2:4991526/150‑4 (MQ=255) gctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCAAGGCGccccaag < 1:2585259/150‑4 (MQ=255) gctACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTAGGGGCGCAAGGCGccccaag < 1:2313839/150‑4 (MQ=255) 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ttCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTg < 2:5912920/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTCGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCgg > 2:6565925/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCgg > 1:3309460/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGGGGCTGCGATGGCGGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCgg < 2:4266969/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCggg > 2:2700833/1‑150 (MQ=255) gggggCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTa > 2:1256837/1‑150 (MQ=255) tGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGATGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGt > 2:5242657/1‑150 (MQ=255) cGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCA‑GGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTAcc < 2:332485/150‑1 (MQ=255) gCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGttt < 2:5484451/150‑1 (MQ=255) cTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTc < 2:859848/150‑1 (MQ=255) 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ggggCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATg < 1:6818640/150‑1 (MQ=255) cTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAg > 2:2321654/1‑150 (MQ=255) tACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGAt < 1:1524733/150‑1 (MQ=255) aCTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATa < 2:5623160/150‑1 (MQ=255) aCTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATa < 1:4980196/150‑1 (MQ=255) 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tGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCgg < 2:6817395/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCgg < 1:6020362/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCgg < 1:2700833/150‑1 (MQ=255) gcTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCCGGTGCGGGTg > 2:3818562/1‑150 (MQ=255) gcTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTg > 1:5834285/1‑150 (MQ=255) 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ccTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCg < 1:4688409/150‑1 (MQ=255) ccTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCg > 1:6180175/1‑150 (MQ=255) cTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGt > 1:2404416/1‑150 (MQ=255) gAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCACGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGttt < 1:1310094/150‑1 (MQ=255) aCCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCg > 2:5604445/1‑150 (MQ=255) ccTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGTCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGa > 1:5720930/1‑150 (MQ=255) ccTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGa < 1:5203294/150‑1 (MQ=255) cTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGaa < 2:3524035/150‑1 (MQ=255) ttGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAAc > 1:1160593/1‑150 (MQ=255) aggggCGCAAGGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAAcc > 2:5347202/2‑150 (MQ=255) gggCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAACCAg < 1:1806522/150‑1 (MQ=255) gggCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAACCAg < 2:256659/150‑1 (MQ=255) gggCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAACCAg < 2:2864010/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAACCAGCg > 1:6485760/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAACCAGCg > 1:5667538/1‑150 (MQ=255) cgcCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAACCAGCgg < 2:6694397/150‑1 (MQ=255) | ATGCGGGGCTGGGCTACCCGGCAATTTCCCTGGCGGGGGCTGCGATGGCTGCCCTGGGGCTGGTACTGGTGCTGCTGTTTGCCTGGCGTGGGCGAGGGGTGGTAGCAGGGGGGCAGGTTGCGCTGTAGCAGGCCTGAACCTTGGGGCGCCTTGCGCCCCTCGATACACTTCCTTGCGGGTACTATGGGGTACCGTTTCGGCCATGCAAGTGATAGGCAGGGCGCTCGCTCAGGCGCTCGTAATAATCGCGCACCGCGGGCAGGTGCGGGTGCTCGAACGGCGTTTCGAACCAGCGGTTG > NC_002947/2886199‑2886497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |