Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,029,301 | T→A | 5.5% | intergenic (+124/+30) | dapA‑II → / ← PP_2640 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/GNAT family acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,029,301 | 0 | T | A | 5.5% | 967.8 / 29.7 | 292 | intergenic (+124/+30) | dapA‑II/PP_2640 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase/GNAT family acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (137/138); new base A (11/5); total (149/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
GCGTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCTTTTCCATCGGCTGATACACCAGCCCGGCAAACTCACCCACGTCGCCTGCCAGGGTGAAGCCGTAGCGTTGGTAGGCGGGTACAGAAGACAATGA > NC_002947/3029152‑3029450 | gTGCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCATCGGTTGTTGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCtttt < 1:3918449/150‑2 (MQ=255) gCTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCg < 2:6289943/150‑1 (MQ=255) cTGTGTTCACTCGGCGCCTGAAGCGGCAACGGTTGATGGCGGGTTGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGTCCGCTTTGCgg > 2:5530400/1‑150 (MQ=255) 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tGACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCa > 2:2931038/1‑150 (MQ=255) gACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAg > 2:418767/1‑150 (MQ=255) gACAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAg > 1:2712400/1‑150 (MQ=255) aCAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAgg > 2:2662074/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGgc < 1:2047624/150‑1 (MQ=255) aaGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGgcg > 1:4226007/1‑150 (MQ=255) aaGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGgcg > 2:3370815/1‑150 (MQ=255) aGCCGCCACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGgcgc < 1:2372981/150‑1 (MQ=255) cgccACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCttt < 1:1675569/150‑1 (MQ=255) cgccACACCCTTGGTTGGTTCGGGGTCGGCGGATGCCTCGCGAGCGGATTTCTGCCAGCAACGCGCTGAGACAGAGTATTGCCAGGGCCGCTTTGCGGCCCTGTCGCGACCCCAGGTTGCTCCTACGCTGGCTGGGTCGGCAGGCGCttt < 2:3851880/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |