| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,052,181 | A→T | 5.3% | intergenic (+36/‑59) | pstB‑I → / → PP_2660 | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,052,181 | 0 | A | T | 5.3% | 627.7 / 10.1 | 204 | intergenic (+36/‑59) | pstB‑I/PP_2660 | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (114/76); new base T (3/10); total (117/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
ATTTCCCAGGGCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCAATGCGAGCGACGCGTCGTCTTGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCAGGGCCGTTTTGCCGAACTCAGCCAGCATTTCA > NC_002947/3052032‑3052330 | tttCCCAGGGCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAg < 1:2742096/150‑1 (MQ=255) tttCCCAGGGCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAg < 1:1977581/150‑1 (MQ=255) ttCCCAGGGCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAgg > 1:4148015/1‑150 (MQ=255) 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1:3022254/1‑150 (MQ=255) | ATTTCCCAGGGCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCAATGCGAGCGACGCGTCGTCTTGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCAGGGCCGTTTTGCCGAACTCAGCCAGCATTTCA > NC_002947/3052032‑3052330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |