| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,052,185 | A→T | 6.6% | intergenic (+40/‑55) | pstB‑I → / → PP_2660 | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,052,185 | 0 | A | T | 6.6% | 563.7 / 6.6 | 198 | intergenic (+40/‑55) | pstB‑I/PP_2660 | phosphate ABC transporter ATP‑binding protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (114/64); new base T (2/14); total (117/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CCCAGGGCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCAATGCGAGCGACGCGTCGTCTTGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCAGGGCCGTTTTGCCGAACTCAGCCAGCATTTCACC > NC_002947/3052036‑3052332 | aGGGCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGt > 1:4997695/1‑150 (MQ=255) gggCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGtt < 1:2728351/150‑1 (MQ=255) gggCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGtt < 2:925766/150‑1 (MQ=255) 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gTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCt > 2:2739029/1‑150 (MQ=255) gTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCt > 2:5765549/1‑150 (MQ=255) tCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCtt > 1:6639242/1‑150 (MQ=255) cgtgaggggCCCGACCGCGCATATTTTCCAGACCCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCCTGCAAGCTCAGGGTGGGGGGGTGTTGCAGCCAGGATGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTc < 1:2128904/144‑1 (MQ=255) cGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCACGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTc < 1:4518125/150‑1 (MQ=255) gagaTGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTcc > 2:5568845/1‑150 (MQ=255) gagaTGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTcc > 2:3917497/1‑150 (MQ=255) agaTGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGCGGCCGGGTGTTGCAACCTTCCGGGCTGCAACACCCGcccacctt > 2:2522746/1‑137 (MQ=25) agaTGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGCGGCCGGGTGTTGCAACCTTCCGGGCTGCAACACCCGcccacctt < 1:2522746/142‑6 (MQ=25) aTGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGtt > 1:6710671/1‑150 (MQ=255) 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aGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCAATGCGAGCGACGCGTCGTCTTGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCAGGGCCGTTTTg > 1:3973485/1‑150 (MQ=255) ggCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCTATGCGAGCGACGCGTCGTCTGGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCGGGGCCGTTTTGCCGaa > 1:2608475/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCAATGCGAGCGACGCGTCGTCTTGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCAGGGCCGTTTTGCCGAAc < 2:1570442/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCAATGCGAGCGACGCGTCGTCTTGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCAGGGCCGTTTTGCCGAAc < 2:3178528/150‑1 (MQ=255) gCGGGTGGTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCAATGCGAGCGACGCGTCGTCTTGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCAGGGCCGTTTTGCCGAAc < 2:3884473/150‑1 (MQ=255) 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1:3022254/1‑150 (MQ=255) | CCCAGGGCACCCGCACCGGCTACCTAGTCGAGATGGGCCCGACCGCGCAGATTTTCCAGAACCCGCGCGAGCAGCTGACCAGCGACTACATCAGCGGCAAGTTCAGCTAAACCATGCAAGCTCAAGGTGGGCGGGTGTTGCAGCCAGGAAGGTTGCAACACCCGGCCGCGTTACCTTCCGTTAAAGTGTTACCCAGGATTACCAATGCGAGCGACGCGTCGTCTTGATCTGTCAGCGGTAGAGCGCGCACTGCGCGAGGTGCAGGGCCGTTTTGCCGAACTCAGCCAGCATTTCACC > NC_002947/3052036‑3052332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |