Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,241,140 | G→T | 5.4% | G415C (GGT→TGT) ‡ | PP_2834 → | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,241,140 | 0 | G | T | 5.4% | 987.9 / 28.9 | 293 | G415C (GGT→TGT) ‡ | PP_2834 | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (162/113); new base T (10/7); total (172/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GGCTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGGC > NC_002947/3240991‑3241289 | tGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTc > 1:5067994/1‑150 (MQ=255) gACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCa > 1:64020/1‑150 (MQ=255) gACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCa < 2:4129245/150‑1 (MQ=255) gACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCa < 2:1417653/150‑1 (MQ=255) gACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCa < 1:2728580/150‑1 (MQ=255) cACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGt > 1:4247297/1‑150 (MQ=255) cACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGt < 1:5946003/150‑1 (MQ=255) tATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGc > 1:3896244/1‑150 (MQ=255) tATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGc > 1:5993626/1‑150 (MQ=255) aaaTCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGcc > 1:4061695/1‑150 (MQ=255) ctgccTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCaa > 1:3235970/4‑150 (MQ=255) tCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAAc > 1:6098353/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCt > 1:6079370/1‑150 (MQ=255) tGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGa > 2:611562/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATc < 2:2099793/150‑1 (MQ=255) gcAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGcc < 2:4396926/150‑1 (MQ=255) aGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCtt > 1:2807191/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCaccacc > 2:1085329/1‑150 (MQ=255) 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tGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACg > 1:1994597/1‑150 (MQ=255) ggTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACgg < 2:2941388/150‑1 (MQ=255) ggTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACgg < 2:4171719/150‑1 (MQ=255) gATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCtgt < 1:3816995/150‑1 (MQ=255) aTGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCtgtg < 2:1933230/150‑1 (MQ=255) gtATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCggg < 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ggCCACCTGACCGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTg > 2:2707149/1‑150 (MQ=255) ggCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTg > 1:787463/1‑150 (MQ=255) ggCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTg > 2:3036667/1‑150 (MQ=255) gCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTCCGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCACCCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgc > 1:2268950/1‑150 (MQ=255) gCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCAc > 2:3781616/1‑123 (MQ=255) 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aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGCTCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCGGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGGTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc > 2:6449078/1‑150 (MQ=255) aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc < 2:3235970/150‑1 (MQ=255) aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc < 2:1689231/150‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggcg < 2:64020/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGcggcgg > 1:6827296/1‑150 (MQ=255) | GGCTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACA‑CCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGGC > NC_002947/3240991‑3241289 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |