Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,241,142 | T→A | 5.7% | G415G (GGT→GGA) ‡ | PP_2834 → | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,241,142 | 0 | T | A | 5.7% | 965.4 / 31.1 | 295 | G415G (GGT→GGA) ‡ | PP_2834 | D‑galactarate dehydratase/altronate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (165/113); new base A (10/7); total (175/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGGCAT > NC_002947/3240993‑3241291 | cTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGt < 2:1156821/150‑1 (MQ=255) tGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTc > 2:4937984/1‑150 (MQ=255) gACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCa > 1:6488569/1‑150 (MQ=255) gACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCa > 1:64023/1‑150 (MQ=255) gACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCa < 1:2728697/150‑1 (MQ=255) aTCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCTGACCGGTGGcc < 2:3276915/150‑1 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcggcg > 2:2633884/1‑150 (MQ=255) tCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCcggcg > 1:401178/1‑150 (MQ=255) 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cccTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAAcc < 2:2821273/150‑1 (MQ=255) tGGGCGCCGGGGCCACGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGTTTTGTATCAGTCCGCGCAAGCGGTGCGTGCCCTGGGCCTGGTTTTCTTGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCTGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGa < 1:5157772/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCACGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATc < 1:3284416/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATc < 2:6098353/150‑1 (MQ=255) gcgcAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCg > 1:933342/1‑150 (MQ=255) 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cgccGGCCACCTGACCGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCa > 2:6060153/4‑150 (MQ=255) tcGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAAt > 1:3842023/1‑150 (MQ=255) tcGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAAt > 1:2562631/1‑150 (MQ=255) ccGGCCACCTGACCGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCAGCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAAt > 2:5368454/2‑150 (MQ=255) ggCCACGGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTg < 1:2846547/150‑1 (MQ=255) gCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTCCGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCACCCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgc > 1:2268950/1‑150 (MQ=255) gCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgc > 1:1105883/1‑150 (MQ=255) cACCGGTCAGGGGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcgg < 1:1766005/150‑1 (MQ=255) aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGCTCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCGGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGGTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc > 2:6449078/1‑150 (MQ=255) aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc < 2:4201259/150‑1 (MQ=255) aCCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggc < 2:2264241/150‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggcg < 2:64020/150‑1 (MQ=255) ccGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTgcggcg > 2:3810643/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCggcggc > 2:6006787/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCGCGGCCTACGGCGGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTGCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATggcggcggc > 2:3060458/1‑150 (MQ=255) gTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGGCa > 2:6165264/1‑150 (MQ=255) | CTGACCACTATCCTCGAGAAATCCCTGGGCGCAGTGGCCAAGGCAGGCTCCAGCAACCTGGTCGATGTGTATCAGTACGCGCAAGCCGTGCGTGCCCAGGGCCTGGTGTTCATGGACACCCCCGGCTACGACCCGGTCTCGGCCACCGGTCAGGTGGCCGGCGGGGCCAACCTGATCGCCTTCACCACCGGCCGCGGCTCGGCCTACGGCTGTGCCCCGGCGCCATCGATCAAGCTGGCAACCAACAACCGGGTGTTCGAGCACCAGCAAGAGGACATGGACGTCAATTGCGGCGGCAT > NC_002947/3240993‑3241291 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |