| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,349,486 | Δ1 bp | 18.1% | intergenic (+64/‑114) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,349,486 | 0 | G | . | 18.1% | 451.2 / 111.3 | 160 | intergenic (+64/‑114) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/48); new base . (18/11); total (100/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTGGCC > NC_002947/5349340‑5349635 | gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:4130262/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:5478095/150‑1 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 2:699250/150‑1 (MQ=255) 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tccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAg < 1:5397095/128‑1 (MQ=25) tccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAg > 2:5397095/2‑129 (MQ=25) ccTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGat > 2:2918310/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:4518687/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:1759749/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:2340511/1‑150 (MQ=255) gaGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTA‑‑AGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:2222967/2‑150 (MQ=38) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:3146603/1‑150 (MQ=255) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAGGTTCGATATCCg > 2:5886898/1‑150 (MQ=255) gCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACCAGAGCAGGACCACCCGCCCTGTTCGAGATCCGCaa > 2:6041376/1‑150 (MQ=255) aa‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAAt > 2:4664005/1‑150 (MQ=255) cgcgTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAgg < 1:3086937/119‑1 (MQ=255) cgcgTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAgg > 2:3086937/1‑119 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc > 2:4840281/1‑150 (MQ=255) aaCCTCCTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCa < 2:3628200/149‑1 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGc > 1:3180406/1‑150 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGc > 1:3294972/1‑150 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga < 2:2158170/105‑1 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga > 1:2158170/1‑105 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGcc > 1:634999/1‑150 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGcc > 2:4556559/1‑150 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGcc > 1:1853950/1‑150 (MQ=255) cGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGccc < 2:1637747/150‑1 (MQ=255) gTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCt > 1:951218/1‑150 (MQ=255) gTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCt > 2:2698754/1‑150 (MQ=255) tAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACt > 1:2864111/1‑60 (MQ=255) tAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACt < 2:2864111/60‑1 (MQ=255) aGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTgg < 2:7281345/150‑1 (MQ=255) gAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTGGcc > 1:5768571/1‑150 (MQ=255) | TGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTACCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGCCCTGGCC > NC_002947/5349340‑5349635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |