| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4588487 | 143 (0.450) | 16 (0.060) | 14/232 | NT | 11.9% | intergenic (‑67/+104) | treSB/glgE | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase/alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
| ? | NC_002947 | = 4588548 | 115 (0.420) | intergenic (‑128/+43) | treSB/glgE | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase/alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase | |||||
GTTCGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/4588319‑4588487‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccccgtaggagcgggtttaTCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCC < NC_002947/4588548‑4588401 GTTCGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATC < 1:1702834/150‑1GTTCGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATC < 2:5179043/150‑1 CGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCC < 1:1049232/150‑1 GTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGT > 2:1608394/1‑150 TCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA < 2:6068725/150‑1 TCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA < 2:6404940/150‑1 TCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA < 2:6714376/150‑1 TCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA > 1:3226224/1‑150 TCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA < 2:7015662/150‑1 CGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAG < 2:2806400/150‑1 CGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAG < 2:5817980/150‑1 GAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGG > 2:270917/1‑150 GAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGG < 1:4053458/150‑1 AAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGA < 1:281904/150‑1 AACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCG < 2:7250227/150‑1 AACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCG < 2:7250330/150‑1 AACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCG < 1:2374137/150‑1 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1:3508163/150‑1 CGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGCGCagc < 2:1939586/150‑4 CGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGG < 2:2011656/150‑1 CGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGG < 1:5790383/150‑1 CGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGG < 1:4977124/150‑1 CGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGG < 2:2523740/150‑1 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CTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA < 1:5929525/139‑1 CTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA < 1:5929563/139‑1 CTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA > 2:5929525/1‑139 CTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCGTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGgga < 1:3609074/150‑4 TTGATGTGGAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACTCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCACGTAGGAGCGGGTTTA < 2:5330013/150‑1 TTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTA > 1:5847189/1‑150 TTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTA > 1:2400093/1‑150 TTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTA > 1:4184154/1‑150 GCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAACA < 2:5824604/150‑1 TGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGACCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAACACC < 2:5514404/150‑1 TGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGACCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAG > 2:5732796/1‑150 CTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCAT < 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CGGGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCG > 2:2459493/1‑147 CGGGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCG < 1:2459493/147‑1 CGGGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCG < 1:2459595/147‑1 GGGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCC > 2:6442614/1‑150 GGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGGTCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCC > 2:6427610/1‑150 GGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCC < 2:4947377/150‑1 GGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGC > 1:5080592/1‑144 GGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGC < 2:5080592/144‑1 GGTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGGGTCATCTTCGCGGGTCAACCCGCTCCTACGGGGGGTCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGACAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCC > 2:6427619/1‑150 GTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTC < 1:4293326/147‑1 GTTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTC > 2:4293326/1‑147 TTTATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGC > 1:6941341/1‑150 TATCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCC < 2:1636567/150‑1 GTTCGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/4588319‑4588487‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccccgtaggagcgggtttaTCCGCGAACACCGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCC < NC_002947/4588548‑4588401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |