New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 295700 = | 211 (0.660) | 32 (0.110) | 20/244 | NT | 13.6% | intergenic (+47/+95) | PP_0241/PP_0242 | transporter/TetR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 295759 = | 219 (0.770) | intergenic (+106/+36) | PP_0241/PP_0242 | transporter/TetR family transcriptional regulator |
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
TTCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATACGCTTCG > NC_002947/295551‑295849 | ttCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACG > 1:948528‑M1/1‑150 (MQ=255) tCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTACAGCCCTTCGCCGGCACGC < 2:6213211‑M1/150‑1 (MQ=255) ggTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCC < 1:4493394‑M1/150‑1 (MQ=255) gATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCT < 1:3187253‑M1/150‑1 (MQ=255) gctgcacgaggcgatcaccccgcgcatggccgaggaaggcaagcgggtgttcgaagcgtatctggggttgtatctgccgccgtttctggccaagcgttccagctgagaaatctggggccgcttggcggcccttcgcgggcaaGCCCGCTc > 2:5791259‑M1/143‑150 (MQ=255) ttACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCC > 1:5790432‑M1/1‑150 (MQ=255) tgcacgaggcgatcaccccgcgcatggccgaggaaggcaagcgggtgttcgaagcgtatctggggttgtatctgccgccgtttctggccaagcgttccagctgagaaatctggggccgcttggcggcccttcgccggcacGCCCGCTccc > 1:3341660‑M1/141‑150 (MQ=255) gctcgaggcgatcaccccgcgcatggccgaggaaggcaagcgggtgttcgaagcgtatctggggttgtatctgccgccgtttctggccaagcgttccagctgagaaatctggggccgcttggcggcccttcgcgggcaaGCCCGCTCCca > 1:241235‑M1/140‑150 (MQ=255) ccaccCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCAC > 1:7325345‑M1/1‑150 (MQ=255) cacgaggcgatcaccccgcgcatggccgaggaaggcaagcgggtgttcgaagcgtatctggggttgtatctgccgccgtttctggccaagcgttccagctgagaaatctggggccgcttggcggcccttcgcgggcttgcccgcgaaggg > 1:4819‑M1/139‑144 (MQ=255) cccGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑gg > 1:6791519/1‑150 (MQ=255) gTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAc < 2:1620614/150‑1 (MQ=255) cGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAc < 1:6244008/146‑1 (MQ=255) aGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCa > 2:2914429/1‑150 (MQ=255) gCTGGATTTTCAGGTGGGCAGTGAAGTTATTGCCTTTGTTAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCAAATCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGATTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAg < 2:3474612/150‑1 (MQ=38) gCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAg > 1:3886961/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAg < 2:3705936/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAg > 1:3489388/1‑150 (MQ=255) 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ggAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGt > 1:83649/1‑150 (MQ=255) aGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGtactcgcgcgcaccctggagcttgcga < 1:5373055‑M1/150‑28 (MQ=255) cAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgt > 2:1198899‑M2/1‑146 (MQ=255) cAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgt > 2:1751672‑M2/1‑146 (MQ=255) agtgaagtgaTTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtg > 2:5430645‑M2/1‑145 (MQ=255) gtgaagtgaTTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtgg > 2:4768879‑M2/1‑144 (MQ=255) gtgaagtgaTTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtgg > 1:1912403‑M2/1‑144 (MQ=255) gtgaagtgaTTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtgg > 1:5914404‑M2/1‑144 (MQ=255) gtgaagtgaTTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtgg > 2:6500106‑M2/1‑144 (MQ=255) cgggtgttcgaagcgtatctggggttgtatctgccgccgtttctggccaagcgttccagctgagaaatctggggccgcttggcggcccttcgcgggcaaGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTgg > 2:5245185‑M1/100‑150 (MQ=255) tgaagtgaTTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑Gagcccgcgcgcaccctggagcttgcgagtacctgtggg < 1:1428419‑M1/150‑39 (MQ=255) gggtgttcgaagcgtatctggggttgtatctgccgccgtttctggccaagcgttccagctgagaaatctggggccgcttggcggcccttcgcgggcaaGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTggg > 2:1842226‑M1/99‑150 (MQ=255) gaagtgaTTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtggga > 1:2316368‑M2/1‑142 (MQ=255) gaagtgaTTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtggga > 1:4539255‑M2/1‑142 (MQ=255) gtgttcgaagcgtatctggggttgtatctgccgccgtttctggccaagcgttccagctgagaaatctggggccgcttggcggcccttcgcgggcacGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAg > 1:6432372‑M1/97‑150 (MQ=255) 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cGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGcc < 2:6825786/150‑1 (MQ=255) atatTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTctgtgggagcgggcttgcccgcgaagggccgccaagcggccccaatatcgacccgccgcatcacagcttgg < 2:1949163‑M2/150‑72 (MQ=255) tatTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGTCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGa < 2:675725/150‑1 (MQ=255) tatTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGa < 1:280538/150‑1 (MQ=255) ggggCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAAcg > 1:2174459/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAAcggc < 1:5130793/150‑1 (MQ=255) gctTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCa > 2:3335348/1‑150 (MQ=255) tttGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGa > 1:1202348/1‑150 (MQ=255) ttGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGAt < 2:4338218/150‑1 (MQ=255) aGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACaa < 1:2925058/150‑1 (MQ=255) aGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACaa > 2:3268582/1‑150 (MQ=255) gCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAAcggc > 1:5299494/1‑138 (MQ=255) ccTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAAccc > 2:443222/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCa > 2:634086/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCa > 2:3550123/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCa > 1:3477360/1‑150 (MQ=255) gCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGAt > 1:1300166/1‑150 (MQ=255) ccGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATa > 1:4022740/1‑150 (MQ=255) ccGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATa > 1:1050763/1‑150 (MQ=255) cGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATag > 2:4884189/1‑149 (MQ=255) cGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATAc < 1:2492993/150‑1 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATACGCtt > 2:3131128/1‑150 (MQ=255) gCCCGCTCCCACA‑Gagcccgcgcgcaccctggagcttgcgagtacctgtgggagcgggcgtgccggcgaagggctgcaaagcagccccaatatcgacccgccgcatcacagcttggcgatagacacttcggtcgacttcacaaaggcaat < 1:188948‑M1/150‑137 (MQ=255) GCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATACGCTTCg < 2:2710557‑M1/150‑1 (MQ=255) | TTCGGTGATTACCACCCGTTCCGTGCGGGAGCTGGAGTTGCAGGTGGGCAGTGAAGTGATTGCCTTTGTGAAGTCGACCGAAGTGTCTATCGCCAAGCTGTGATGCGGCGGGTCGATATTGGGGCTGCTTTGCAGCCCTTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTACTCGCAAGCTCCAGGGTGCGCGCGGGCTCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGCCGCCAAGCGGCCCCAGATTTCTCAGCTGGAACGCTTGGCCAGAAACGGCGGCAGATACAACCCCAGATACGCTTCG > NC_002947/295551‑295849 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |