| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1911673 = | 177 (0.560) | 26 (0.100) | 10/220 | NT | 17.5% | intergenic (+22/+106) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| ? | NC_002947 | 1911767 = | 102 (0.400) | intergenic (+116/+12) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein | |||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TGGCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCC > NC_002947/1911524‑1911821 | cgagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggaggtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctgg < 1:6440226‑M1/2‑1 (MQ=255) gagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGc > 1:5349183‑M1/148‑150 (MQ=255) gCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGc < 1:5513422/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCctc > 2:1633971/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCctc > 2:4708992/1‑150 (MQ=255) gcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCctct < 2:2967450‑M1/7‑1 (MQ=255) gcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCctct < 2:6713453‑M1/7‑1 (MQ=255) cgccgcTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCctct > 1:4701758/1‑150 (MQ=255) gaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTc < 1:6547677‑M1/9‑1 (MQ=255) gaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTc < 2:2669637‑M1/9‑1 (MQ=255) gaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTc > 1:2966731‑M1/142‑150 (MQ=255) agatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTcgc > 1:6060168‑M1/140‑150 (MQ=255) ctctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTcgcg > 1:5956509/1‑150 (MQ=255) tctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 1:6321672/150‑1 (MQ=255) tctACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCCGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 2:1942212/150‑1 (MQ=255) atgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 1:3007369‑M1/138‑150 (MQ=255) atgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 1:5015888‑M1/138‑150 (MQ=255) atgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 1:7267017‑M1/138‑150 (MQ=255) atgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 1:4036904‑M1/138‑150 (MQ=255) atgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtcccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagaaggtggtggccagcctggtggatgagtttgccgggcgctcgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 1:141376‑M1/138‑150 (MQ=255) tgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCggg > 1:1826721‑M1/137‑150 (MQ=255) gtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGc < 1:1641742‑M1/15‑1 (MQ=255) aCAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCa > 1:4819081/1‑150 (MQ=255) 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cctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGcc > 1:3870427‑M1/131‑150 (MQ=255) ctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGccc < 2:3479734‑M1/21‑1 (MQ=255) cagcaCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGccc < 2:5515789/150‑1 (MQ=255) tgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCGAGCCCg < 1:5817965‑M1/22‑1 (MQ=255) tgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCg < 2:7168142‑M1/22‑1 (MQ=255) 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aCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTc < 1:315039/150‑1 (MQ=255) cgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatgggggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCTTgcccgcgaaga > 2:7052238‑M1/123‑145 (MQ=255) gcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCTtgcccgcgaagag > 2:1703188‑M1/122‑144 (MQ=255) ccgCCGGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGCGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGGGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTAc < 1:7119573/148‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTAc < 2:5189673/150‑1 (MQ=255) catcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACg < 1:4222123‑M1/30‑1 (MQ=255) ctgctgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCACCTACGGaa > 1:3409734/1‑150 (MQ=255) aGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCa < 1:6839691/150‑1 (MQ=255) gTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCAc < 2:3782152/150‑1 (MQ=255) gTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGCGCGGTTGACGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCAc < 2:1145695/150‑1 (MQ=255) 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tggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGcc > 1:6767406‑M1/69‑150 (MQ=255) tggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGcc > 1:817548‑M1/69‑150 (MQ=255) ggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGccc > 1:4776224‑M1/68‑150 (MQ=255) gTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCcgctc < 2:1116862/150‑3 (MQ=255) gcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGaa > 2:2853629‑M1/63‑150 (MQ=255) gggTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCGTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAaga < 2:6124422/149‑1 (MQ=255) ttGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCACCAACCGAAACAGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCAGTGGGAGCGGGCTTTCCCGCGAAGAGGc > 2:5817965/1‑150 (MQ=38) gacgggggCGGGGGTGGAGCTGGCGGGGGCCTGATACCCCTTTGCGGCCTGTGCCGGCCTGTGCGCGGGCACGCCCGCGCCTACGCAATCGGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGTAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCa < 2:6826211/147‑1 (MQ=37) aaGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAg < 2:2919973/150‑1 (MQ=255) ggtggCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTTTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACaa < 2:3932134/147‑1 (MQ=255) gAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCTCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTc < 1:4193738/73‑1 (MQ=255) gAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCTCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTc > 2:4193738/1‑73 (MQ=255) ggTGGAGCTGGCGGTGTCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGAc > 2:5544540/1‑150 (MQ=255) gTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCCCCGTGTAATACGGCGCCGCCCCAGTGGGAGCGGGCTTGCCCCCGGAGAGGCCCCCACAAGCCGCCTAGAAaaccaacc > 2:4577416/1‑150 (MQ=38) ccTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCCCGCCAACGGGCTCTTCCCCGCCGTGTTAAACGGGGCCGACCCGGTGGGTGCGGGCGTGGCCCCGCAGAGGCCCGCCCAAGCCGACGAGATaacccaacccac > 2:3749318/1‑148 (MQ=255) cTGATACCCCTTTGCTCCCTGTCCCGGCCTCTTCGCGGGCAAACCCCCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTTTAATACGCCGCCAACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCCCGAAGAGGCCCCCACAAGCCGACAACAAAACCAACCCCGgc > 2:6164793/1‑150 (MQ=25) aTACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCACTTCGCGGGCCAGCCCCCTCCGAAGGAAAATGCCCCGCCGGGTAAAACCGCGCCCACCCGGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGGAGAGGCCAGCCCAAGCCCACAAGAAAACCCACCCCggcggc > 2:2257225/1‑150 (MQ=255) aCCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGt < 2:3667690/150‑1 (MQ=255) cccTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTgg < 1:3650645/87‑1 (MQ=255) tgcCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCCAACCCCCGCCGACCGAAACATCACCCCCGTGTAATAAAGCGCCGCCCCCGGGGGGGCGGGCGTTGCCGCGCAGAGGCCACCCCAAACCCCCGAGATAACCCACCCCAGCGGCGGGCGCCCGGcc > 2:1236196/1‑149 (MQ=255) ggCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCTACGGAATCGGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGCGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAAcaca < 1:3072043/149‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACCGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGGGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCTAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATcc > 2:6020635/1‑150 (MQ=255) | TGGCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAACACATCC > NC_002947/1911524‑1911821 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |