| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5130084 = | 88 (0.280) | 34 (0.130) | 9/220 | NT | 31.7% | intergenic (+61/‑121) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
| ? | NC_002947 | 5130163 = | 75 (0.290) | intergenic (+140/‑42) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease | |||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACT > NC_002947/5129936‑5130233 | taGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTT > 1:3883226‑M1/1‑150 (MQ=255) tCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑G < 2:1378876‑M1/150‑1 (MQ=255) tCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑G > 1:6817784‑M1/1‑150 (MQ=255) tCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑G > 1:6036796‑M1/1‑150 (MQ=255) gatcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTcgc‑g < 2:4728372‑M1/6‑1 (MQ=255) cGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GG < 2:5126441‑M1/150‑1 (MQ=255) cGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GG < 1:5669787‑M1/150‑1 (MQ=255) atcgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑gg > 1:3238206‑M1/144‑150 (MQ=255) gCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGG > 1:5160009‑M1/1‑150 (MQ=255) cgccgggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGt > 1:5321557‑M1/142‑150 (MQ=255) aaaGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GCGTA < 2:3817643‑M1/150‑1 (MQ=255) aaGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAA < 1:4881600‑M1/150‑1 (MQ=255) gggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAAc > 2:4181349‑M1/138‑150 (MQ=255) tGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACC < 1:7409662‑M1/150‑1 (MQ=255) tggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGc > 2:6233508‑M1/134‑150 (MQ=255) tggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGc > 1:4931197‑M1/134‑150 (MQ=255) tggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGc > 2:1276578‑M1/134‑150 (MQ=255) cTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGC < 2:3490731‑M1/150‑1 (MQ=255) ttttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGGTAAACCgcc > 1:2711939‑M1/1‑147 (MQ=255) tCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTTTACCCGCgaag < 1:3094088‑M1/150‑5 (MQ=255) tggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaaggtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc > 2:2910414‑M1/128‑150 (MQ=255) ggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACa > 1:1980214‑M1/127‑150 (MQ=255) gtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTTAACCCGCTCCTACAg < 1:4181708‑M1/25‑1 (MQ=255) cggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACTGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAG < 2:879196‑M1/150‑1 (MQ=255) cggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAG < 2:6265990‑M1/150‑1 (MQ=255) tggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc > 1:2286171‑M1/125‑147 (MQ=255) tggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:2286171‑M1/23‑1 (MQ=255) tgcGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGGAAAACCCCCCCTACACGCTGccccc > 1:4728372/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCGGGCGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCATTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCt < 1:3453514/150‑1 (MQ=255) gggTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgtt < 1:7302909/150‑1 (MQ=255) gggTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgtt < 2:2033820/150‑1 (MQ=255) gggTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgtt < 1:1428138/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt < 2:7436768/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt < 2:5343625/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt < 1:4256043/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTGGGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGGCCCTTCGC‑GGGTAATCCCGCTCCGACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt < 2:569188/150‑1 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGTGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTtgtg < 1:3649410/150‑1 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTtgtg < 1:5612482/150‑1 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTtgtg < 1:1033140/150‑1 (MQ=255) aggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccccTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCaaa > 1:6610938‑M1/99‑150 (MQ=255) acCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCaaaa < 1:1625280/150‑1 (MQ=255) acCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCaaaa < 1:6490351/150‑1 (MQ=255) gccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCaaa > 2:2561626‑M1/97‑148 (MQ=255) 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cGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GG > 1:5013398‑M1/1‑56 (MQ=255) aCAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCGCACCTACACGATTCCCCCCCCGGAATGTTGTGCAAAACCAGTAGGAGC‑GGGTTTAACCGCCAAAGGGCCGGCACAGCCGGTAGAGAt > 2:2737319/1‑150 (MQ=255) cttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc < 1:275582‑M1/19‑1 (MQ=255) ccTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatc < 1:7207672‑M1/87‑29 (MQ=255) ccTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCAACATGATGCCCCCGCCTGAATGTTTTTCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCGGTAGAGATCACCATACAGGaac > 2:7168596/1‑148 (MQ=38) cTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACA > 2:924801‑M1/1‑56 (MQ=255) cTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACA < 1:924801‑M1/56‑1 (MQ=255) tggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGc < 1:6121217‑M1/64‑1 (MQ=255) tggCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGTTAAACCCGCTCCTCCAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGAAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACccacc < 2:4539857/149‑1 (MQ=255) ggtttACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCTCCTTATTGTTGTGCAAAACCTGTAGGTGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCAt < 2:6119209/148‑1 (MQ=255) cacTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAAACCCCAACAAAAGGATTCCCCCGCCGGAATGTTGTGCAAAACCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCCAAAGGGCCCGCACAGCCGGTAGAGATCTCCATCAATGGCCCACCAAGAaaca > 2:1107046/1‑150 (MQ=255) ctttgcctttgcCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCCCTCCGAAAGGATGCCCCCGCCGGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGGGCGGGGTTTACCC‑CGAAAGGGCCGGCACAGCCGGTAGAGATAAACAACAAAGACCCACCAAGAaccacc > 2:3380285/1‑150 (MQ=255) tttgcctttgccGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCCCACCAAAAGGGTGCCCCCGCCGGAATGTTTTGCAAAACCGGGAGGAGC‑GGGTTTACCCGCCAAAGGGCCGGCACAGCCAGTAGTGGTCTCCAACAAAGAACCACCAAGAACcaccg > 2:4252877/1‑150 (MQ=255) cGGCCCCTTCGC‑GGGCAACCCCGCTCCAACTGTCGCCCCCCGCCTTATTGTTGTCCAAACCTTGTTGGCGC‑GGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCg < 1:6458402/150‑1 (MQ=255) ttCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatccggtaggagcgggtttacccgcgaaggggccggcaaaggcaaagtgtaaagcctcaggcaaacacattctgtcgcaagactgctgtcaggtatcgc > 2:5732639‑M1/1‑26 (MQ=255) TTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACt < 2:1150193‑M1/150‑1 (MQ=255) | TAGCTCGCAAAGTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGTGCAAAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACT > NC_002947/5129936‑5130233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |