| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | = 5821903 | 120 (0.440) | intergenic (+84/+45) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCC > NC_002947/5821727‑5822025 | acacCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑Ag < 2:7117652/150‑1 (MQ=255) tGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCATGCGTTAAGCTTATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTc < 1:3283048/150‑1 (MQ=255) tGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTc < 1:1408613/150‑1 (MQ=255) gAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCg < 2:5269942/150‑1 (MQ=255) gCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTcg < 1:1846337/150‑1 (MQ=255) ccTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTcgc < 1:7135341/150‑1 (MQ=255) ttACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTcgcgc < 2:90630/150‑1 (MQ=255) cTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCa < 1:114214/150‑1 (MQ=255) cTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCa < 2:3765238/150‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAg < 2:6385429/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCCGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGAAGCt > 2:238061/1‑150 (MQ=255) aGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTca < 1:1864727/150‑1 (MQ=255) aGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCCCCCCCACAGGG‑AGCGCCTCGGGCgcgcgcgccccgca > 1:6579324/1‑144 (MQ=255) gAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCACGCGCGCAGCacac > 2:2099482/1‑150 (MQ=255) aaGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTcaca < 2:3833767/150‑1 (MQ=255) tACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCCCGCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCGCACGCGCGCCGCTCACCaacctg < 2:1860752‑M2/150‑7 (MQ=255) cGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGT‑Atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtg < 1:316215‑M1/150‑36 (MQ=255) cGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGT‑Atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtg < 2:3215170‑M1/150‑36 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGGTGAGTCTGGCAAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGT‑Atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgg < 1:1073891‑M1/150‑37 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGT‑Atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgg < 1:4674410‑M1/150‑37 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgg > 2:1860165‑M2/1‑141 (MQ=255) ggtggCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGT‑Atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtggga < 1:3043581‑M1/150‑39 (MQ=255) ggtggCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCGCTCGCGCGCCGCGCACAaaccggtgggg < 2:2601148‑M2/150‑12 (MQ=255) 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gagCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCtt < 2:2674857/150‑1 (MQ=255) agcagcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCttt < 2:6561239/150‑1 (MQ=255) agcagcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCttt < 2:2408710/150‑1 (MQ=255) agcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCa < 2:4267595/150‑1 (MQ=255) gcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCGTTGCAg > 2:4933372/1‑150 (MQ=255) 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ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccaccac < 2:3237240‑M2/150‑115 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgctt > 1:2126714‑M2/1‑36 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgctt < 2:2126714‑M2/141‑106 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgcgcccgcgcaagggccggtaccggatagcgccgatcagcgtaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgctaggccaccac < 1:4586986‑M2/150‑115 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgctt < 1:1515724‑M2/141‑106 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgctt > 2:1515724‑M2/1‑36 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCCTCGTCAGCATCCCCTcc > 1:4510661/1‑150 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCCTCCCCAcc > 1:5304487/1‑150 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTcc > 2:693594/1‑150 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTcc > 2:1981224/1‑150 (MQ=255) ccACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCGCCGCCTCCGCAACCCCCCCACCAGCGTCAGCATCCCCAcc > 2:3309072/1‑150 (MQ=255) cacaGGT‑Atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccaccacg > 2:1237281‑M1/1‑8 (MQ=255) cacaGGT‑Atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccaccacg > 2:2798652‑M1/1‑8 (MQ=255) cacaGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccacca > 2:2404769‑M2/1‑35 (MQ=255) cacaGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccacca < 1:2404769‑M2/148‑114 (MQ=255) acaGGT‑Atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccaccacgt > 2:2253751‑M1/1‑7 (MQ=255) acaGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccaccacgt < 1:7341844‑M2/150‑117 (MQ=255) acaGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccg < 2:4427291‑M2/75‑42 (MQ=255) acaGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCACAGCCTCCGCAACGCCCCCACCATCGTCAGCATCCCCAccgc > 1:2629459/1‑150 (MQ=255) ctggt‑atgtgcgctgcgcgcgcgcgcgccgcgctccgtgggggcgcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccaccacgta < 1:5726745‑M1/148‑145 (MQ=255) gT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCgccgcc > 2:1349453/1‑150 (MQ=255) atgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccaccacgtagtgct > 2:2766685‑M1/1‑1 (MQ=255) | GACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑AGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCC > NC_002947/5821727‑5822025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |