New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5875266 = | 115 (0.360) | 15 (0.060) | 12/214 | NT | 16.0% | intergenic (+22/+112) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
? | NC_002947 | 5875359 = | 67 (0.270) | intergenic (+115/+19) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
CCAGCCAGAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCC > NC_002947/5875117‑5875412 | ccagccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGG > 2:1879402‑M1/1‑150 (MQ=255) ccagccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGG > 1:1561861‑M1/1‑150 (MQ=255) agccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGC < 2:5770775‑M1/150‑1 (MQ=255) agccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGC > 2:1376200‑M1/1‑150 (MQ=255) agccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGC > 1:2154354‑M1/1‑150 (MQ=255) agAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCT > 1:7342542‑M1/1‑150 (MQ=255) aactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcgactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTc > 2:3952506‑M1/142‑150 (MQ=255) actgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTcg < 2:6822571‑M1/10‑1 (MQ=255) aCGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGG < 2:7026804‑M1/150‑1 (MQ=255) aCGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGG < 1:4305221‑M1/150‑1 (MQ=255) aCGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGG < 2:379701‑M1/150‑1 (MQ=255) ggACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTG > 2:5695056‑M1/1‑150 (MQ=255) ccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaacccggtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGaa > 2:6955389‑M1/133‑150 (MQ=255) cgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAAc > 2:3720215‑M1/132‑150 (MQ=255) cgaggccttgagccacgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGggtgtac < 1:524632‑M1/19‑4 (MQ=255) cccGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAAC < 1:5619788‑M1/150‑1 (MQ=255) gaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAAcc > 1:6776355‑M1/131‑150 (MQ=255) gaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAAcc > 1:3580193‑M1/131‑150 (MQ=255) gccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGc > 1:7021998‑M1/128‑150 (MQ=255) ccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCt > 2:4939201‑M1/127‑150 (MQ=255) ctcgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTc > 2:2670035‑M1/126‑150 (MQ=255) cGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTC < 1:4370929‑M1/150‑1 (MQ=255) ttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTcc > 2:3971209‑M1/125‑150 (MQ=255) 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tGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTA < 2:4493801‑M1/141‑1 (MQ=255) aTTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTgg < 2:2719668/150‑1 (MQ=255) aTTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTgg < 1:4117152/150‑1 (MQ=255) aTTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTgg < 2:5425294/150‑1 (MQ=255) ttGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGATTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTggg < 2:113467/150‑1 (MQ=255) tgtgGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGt < 1:3129172/150‑1 (MQ=255) tgtgGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGt < 1:1723459/150‑1 (MQ=255) tgtgGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGt < 1:292116/150‑1 (MQ=255) tgGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGT > 2:4317444‑M1/1‑122 (MQ=255) atgatCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGGAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAAc < 1:5745452/150‑1 (MQ=255) tgatCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAAcc < 2:2346096/150‑1 (MQ=255) tCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGACCAACCCCa > 2:2367920/1‑150 (MQ=255) tCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGG > 2:1590120‑M1/1‑101 (MQ=255) aGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑Ga < 2:4097531/150‑1 (MQ=255) aGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑Ga < 1:6128168/150‑1 (MQ=255) aGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑Ga < 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ggCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GAtgt > 2:524632/1‑150 (MQ=255) ggCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GAtgt < 2:1683184/150‑1 (MQ=255) ggCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GAtgt < 1:4581675/150‑1 (MQ=255) gCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GAtgtg > 2:7090296/1‑150 (MQ=255) cAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GAtgtgt < 1:2375943/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTTCAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GGTGGGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTGACCCGCGAAGAGGCCg > 1:6822571/1‑150 (MQ=255) cggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GATGTGTGTACGTGGTAGGAGCggg > 2:2382232‑M1/56‑130 (MQ=255) gggggAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAAACCCCTCCAACAACAGCCAGGGTCCAAACCCA‑GAAGTGTGTTCGTGGGAGGAGCGGGTTCAACCGCGAACATGCCCGCACAAACAg > 2:6253192/1‑150 (MQ=255) gAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑Ga < 2:298145/94‑1 (MQ=255) ctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GATGTGTGTACGTGGTAGGAGCgg > 1:2490762‑M1/43‑116 (MQ=255) aaaTTGAGTTGTTGGTCTGATTTTTTGATGTTGTCGGTTCGGGCCTCTCCGCGGGTCAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCT‑GATGTTTGTACGTGGTTGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCa < 2:3605669/150‑1 (MQ=38) 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2:4386359/64‑1 (MQ=255) cTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAatc < 2:4250270/150‑1 (MQ=255) | CCAGCCAGAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCA‑GATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCC > NC_002947/5875117‑5875412 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |