| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | 2559164 = | 7 (0.020) | coding (153/1881 nt) | PP_2240 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein | |||||
Only 100 of 712 total aligned reads displayed.
CGTCATTTATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGTTCGCCT > NC_002947/2559015‑2559313 | cGTCATTTATACCCGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTc < 2:2564491/150‑1 (MQ=255) gTCATTTATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGACTAAGATCGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCa > 1:5429339/1‑150 (MQ=255) tCATTTATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCAc > 2:743035/1‑150 (MQ=255) 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tggggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTg > 2:1005944‑M2/21‑150 (MQ=255) gggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGAc < 1:7353940‑M2/132‑1 (MQ=255) ggttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACg > 1:7026318‑M2/18‑150 (MQ=255) gttcatggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGc < 2:283501‑M2/134‑1 (MQ=255) caCCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctcta > 1:2035565‑M1/1‑24 (MQ=255) aCCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctac < 2:5225195‑M1/150‑128 (MQ=255) ccTTGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccc > 1:5902265‑M1/1‑21 (MQ=255) atggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGATCTGGCAGCTTGCCGGTCCCTATTTCAGTTTCAGTAGCAGTTGGAGGCAGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGtt > 1:6212416‑M2/13‑150 (MQ=255) ggatcggttaCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGtttt < 1:6723606‑M2/140‑1 (MQ=255) tGTCAGCTTCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccccaa < 2:3058104‑M1/150‑133 (MQ=255) 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ttCACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccccaagcccgtg > 2:1997457‑M1/1‑11 (MQ=255) cACTGCAGCgtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccccaagcccgtgga > 1:3244523‑M1/1‑9 (MQ=255) | CGTCATTTATACCTGACGAATGACAGCGTAATGCTACGCTCGCGGAAATACTCAGCACGGATACTTACCATGGAAATGAACTGGCATCAGGCCCTGCAAGAGAGCCTAAGCTGGCTGGCAATCGCCTCGTTCATCACCCTTGTCAGCTTCACTGCAGCCGCAACTCTGGCCGTGCGTTTTACACGCTGGGGCAGCCAGTTCTGGCAGCTTGCCGGGCCCTATTTCAGTTTCAGGCGCAGTTGGCGGCCGTTGCTGGTGTTTGCCCTGCTGCTGGTCCTGACGCTGTTTTCGGTTCGCCT > NC_002947/2559015‑2559313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |