Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,591,054 | T→C | 12.0% | intergenic (+144/+73) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,591,054 | 0 | T | C | 12.0% | 559.6 / 48.4 | 193 | intergenic (+144/+73) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/128); new base C (2/21); total (44/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGG > NC_002947/4590907‑4591203 | aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCg < 1:3248107/150‑1 (MQ=255) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCg < 1:6631623/150‑1 (MQ=255) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCg < 1:6012585/150‑1 (MQ=255) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGcc < 1:6253950/150‑1 (MQ=255) gTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCt < 1:4901063/150‑1 (MQ=255) tAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCtt < 2:1214673/150‑1 (MQ=255) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCCgcattcaa < 1:3778955/150‑8 (MQ=38) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGa < 2:2239111/150‑1 (MQ=255) 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cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTa < 2:6978386/150‑1 (MQ=255) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTa < 2:157923/150‑1 (MQ=255) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTa > 1:2009336‑M1/77‑150 (MQ=255) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTa > 2:1439443‑M1/77‑150 (MQ=255) ggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAg > 1:1473970‑M1/76‑150 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAg < 2:6729903/150‑1 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAg < 1:6986309/150‑1 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAg < 1:712290/150‑1 (MQ=255) aGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAg < 1:2717781/150‑1 (MQ=255) cTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCC‑GCATTCAAGGCC‑GGCACGGTCCCTGGTAGGa < 2:6368430/150‑1 (MQ=18) 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1:1935455‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCCG‑CATTCAAGG‑CCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc < 1:5687310‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCa < 1:4852589‑M1/108‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCa > 2:4852589‑M1/1‑108 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc < 1:1019819‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 1:102613‑M1/67‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag > 2:102613‑M1/1‑67 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCTCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:2534768‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:5511542‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 1:5263399‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:2213359‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 1:2801229‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 1:5143812‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 2:6769044‑M1/150‑1 (MQ=255) TACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCt < 1:1711134‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCtt < 1:2077482‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCtt < 2:3772954‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCtt < 2:3214974‑M1/150‑1 (MQ=255) CCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggc > 1:4672797‑M1/1‑67 (MQ=255) CCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg < 1:4586523‑M1/150‑1 (MQ=255) CCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg < 1:4949208‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGc < 1:622317‑M1/150‑1 (MQ=255) AGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGcc < 1:7203174‑M1/150‑1 (MQ=255) GGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCgg < 2:4661393‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtca > 2:2402266/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGCTCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacgg > 2:196110/1‑150 (MQ=255) | TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGG‑CCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATG‑C‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGG > NC_002947/4590907‑4591203 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |