Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,592,692 | G→C | 7.6% | R40G (CGC→GGC) ‡ | PP_4063 ← | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,592,692 | 0 | G | C | 7.6% | 1057.4 / 58.8 | 314 | R40G (CGC→GGC) ‡ | PP_4063 | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/162); new base C (10/14); total (138/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 |
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
GGCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCACG > NC_002947/4592543‑4592841 | ggCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCg < 2:3404052/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCgg > 1:1288916/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCgg < 1:2875663/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTAGATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGa > 1:2027289/1‑150 (MQ=255) cTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTTCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGacac < 1:5563450/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGacac < 2:5873668/150‑1 (MQ=255) tGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGTCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACAcc > 1:6126135/1‑150 (MQ=255) aaGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGTCCCGCCACCAgg < 1:5405869/150‑1 (MQ=255) 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aTGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGTCCCGCCACCAGGGcc < 1:3826608/150‑1 (MQ=255) aTGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGTCCCGCCACCAGGGcc < 1:3195422/150‑1 (MQ=255) aTGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGcc > 1:7013367/1‑150 (MQ=255) gCACCACTGGGCGCAGTTGGG‑TACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCg < 1:6933512/150‑1 (MQ=255) gCACCACTGGGCGCAGTTCGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTc < 1:1565977/150‑1 (MQ=255) 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1:3550880/150‑1 (MQ=255) tggtggCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGtttt < 2:3879258/150‑1 (MQ=255) gtggCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCTATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTgg < 2:2758841/150‑1 (MQ=255) gggACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCgg > 1:6628333/1‑98 (MQ=255) gggACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAACTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCACg > 2:2401640/1‑150 (MQ=255) | GGCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGGGCACG > NC_002947/4592543‑4592841 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |