Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,680,329 | A→G | 13.0% | intergenic (+33/+71) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,680,329 | 0 | A | G | 13.0% | 424.5 / 44.6 | 182 | intergenic (+33/+71) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/102); new base G (5/16); total (48/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.37e-02 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
GCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTA‑CCCG‑CGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTG > NC_002947/4680182‑4680478 | gcgcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTA‑CCCG‑CGAATGCGTC‑Att < 2:4225177/150‑1 (MQ=255) gcgcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTA‑CCCG‑CGAATGCGTC‑Att < 1:6757816/150‑1 (MQ=255) gcgcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTA‑CCCG‑CGAATGCGTC‑Att < 2:1410411/150‑1 (MQ=255) 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GCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTA‑CCCG‑CGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTG > NC_002947/4680182‑4680478 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |