Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,680,332 | G→T | 14.4% | intergenic (+36/+68) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,680,332 | 0 | G | T | 14.4% | 387.9 / 9.5 | 184 | intergenic (+36/+68) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/96); new base T (8/21); total (51/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
GCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTT‑ACCCG‑CGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGA > NC_002947/4680184‑4680479 | gctcggCAGCCACCGTGCCGCCGCCCGACAACGACGCCGCCCAGGACACGGCCCGGGCGACCCCGGGCGACGGAATGGGCGTGTATGCCGGGGTGTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTT‑ACCCG‑CGAATGCGTC‑ATTGa < 2:6592970/145‑1 (MQ=255) cTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTT‑ACCCG‑CGAATGCGTC‑ATTGaa < 2:1146366/150‑1 (MQ=255) tATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTT‑ACCCG‑CGAATGCGTC‑ATTGAAt < 2:3961979/150‑1 (MQ=255) 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GCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTT‑ACCCG‑CGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGA > NC_002947/4680184‑4680479 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |