Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 341,299 | T→C | 6.0% | intergenic (‑190/‑188) | PP_5438 ← / → gabP‑I | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 341,299 | 0 | T | C | 6.0% | 979.3 / 31.5 | 301 | intergenic (‑190/‑188) | PP_5438/gabP‑I | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (160/122); new base C (11/7); total (172/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCC > NC_002947/341150‑341448 | aCCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTc < 1:1082797/150‑1 (MQ=255) ccACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCAt > 2:3384739/1‑150 (MQ=255) ccACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCAt > 2:2312545/1‑150 (MQ=255) ccACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCAt > 2:3591594/1‑150 (MQ=255) ccACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCAt > 2:4709654/1‑150 (MQ=255) ccACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCAt > 1:7196080/1‑150 (MQ=255) ccACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCAt > 2:6684421/1‑150 (MQ=255) aaTGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAAt < 2:6554669/150‑1 (MQ=255) aaTGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCAATTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAAt < 2:201276/150‑1 (MQ=255) cATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCg > 1:4583448/1‑150 (MQ=255) tGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCAtt < 1:325166/139‑2 (MQ=255) gTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGaaa < 1:3949819/150‑1 (MQ=255) ttGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCATTGCATGACCGAAAg < 2:3935633/150‑1 (MQ=255) gATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGcc > 1:3437558/1‑150 (MQ=255) atatCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGccc > 2:1455127/1‑150 (MQ=255) tatCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGaaa < 1:494258/145‑1 (MQ=255) tCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTcc > 2:241074/1‑150 (MQ=255) tCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGCCATTGCATGACCGAAAggac > 1:1539025/1‑144 (MQ=255) 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ccATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaa > 2:6939623/1‑150 (MQ=255) cATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaaa < 2:4570137/150‑1 (MQ=255) cATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaaa > 1:2908275/1‑150 (MQ=255) aTGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTTATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaaaa < 1:989355/150‑1 (MQ=255) aTGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTaaaa < 2:4260582/150‑1 (MQ=255) 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ggTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTAc > 1:585853/1‑150 (MQ=255) gTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTAcc > 1:3552688/1‑150 (MQ=255) | CACCCACGAATGCCATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCC > NC_002947/341150‑341448 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |