| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 341,309 | 0 | G | A | 5.7% | 903.2 / 28.0 | 284 | intergenic (‑200/‑178) | PP_5438/gabP‑I | hypothetical protein/gamma‑aminobutyrate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (151/115); new base A (10/6); total (161/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTCGGCG > NC_002947/341163‑341458 | cATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCg > 1:1072519/1‑150 (MQ=255)cATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCg > 1:1319486/1‑150 (MQ=255) gTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGaaa < 2:1117867/150‑1 (MQ=255) 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ggCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAGGGCCTGCAGAATTTTc < 1:2453385/150‑1 (MQ=255) ggCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTc < 1:6645734/150‑1 (MQ=255) aTTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGa > 2:2516253/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGa > 2:72922/1‑150 (MQ=255) tGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACg > 1:1014824/1‑150 (MQ=255) 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ttCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTg > 2:3798954/1‑150 (MQ=255) cGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTa < 1:1366902/150‑1 (MQ=255) cGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTa < 1:3818003/150‑1 (MQ=255) cGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTa < 1:6684421/150‑1 (MQ=255) ggTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTAc > 1:2705283/1‑150 (MQ=255) 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aaTGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGTAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTc > 1:1670135/1‑150 (MQ=255) ggCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTCGGc < 1:3591594/150‑1 (MQ=255) | CATGTTGATATCACAAGGTTGTACCCATGGGTTGCACTTTTTGGCATTGCAGTGGTGCACAGGTGTTACCGAGGAGCACCTTTGGTGCATTTGTAAGTGGGTATTTCAGTAATCCGCTGATTTGAGGTCCTTTCGGTCATGCAATGGCCGAAAGCCCTCCAGGCCGCATCCTAAAAGGCCTGCAGAATTTTCTGACGAGTGCATTCGTCATATGGCGCGCTTATTGCCAGTTGGAAACCGCCGATTGCAGCGACGCCTAGGTCATCCCCTGGCGCGCTCTGTACCCGCAGTCGGCG > NC_002947/341163‑341458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |