Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,866,156 | G→A | 8.7% | intergenic (‑113/+124) | ligA ← / ← PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,866,156 | 0 | G | A | 8.7% | 787.9 / 47.9 | 272 | intergenic (‑113/+124) | ligA/PP_4275 | DNA ligase/cell division protein ZipA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/98); new base A (7/16); total (154/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.17e-02 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACG > NC_002947/4866008‑4866303 | ggCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGt > 2:7291824/1‑150 (MQ=255) gCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAAAACCCACCCCCAACGGCGTc > 1:6339936/1‑150 (MQ=255) aGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACAAGc > 1:5057257/1‑150 (MQ=255) 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cttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTAccc < 2:6898864/150‑1 (MQ=14) cttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCCACCAGGGCCTCACAAGCCCGAGGGC‑GGGGATGTACCGGTAGGAGCGGGTTTAacc > 1:5292847/1‑150 (MQ=255) ttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTACATCAC‑CGCCCTAGGGCATGTGACGCCCTTGTGGGAGCGGGTTTACCcg < 1:5554980/150‑1 (MQ=14) ttctCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 1:2375733/150‑1 (MQ=255) tctcTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCGCCCACAAGGGCCGCACAGGCCCGACGGC‑GGTGGTGTACCGGGAGGGGCGGGTTTACCcgc > 1:2247005/1‑150 (MQ=255) 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cGCTCCCCCACGGGCGTCACTTGCCCTCGGGG‑GGTGTTGTACCTGTCGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCt < 2:1031847/150‑1 (MQ=38) gCTCCCACACGGGCGTCACTTGCCGTTGGGG‑GGTGTTGTACCTGTTGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTg < 2:5292847/150‑1 (MQ=38) ccACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGtt > 1:6124851/1‑150 (MQ=255) ccACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGtt > 1:3204002/1‑150 (MQ=255) ccACAAGGGCGTCACATGCCCTAAGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCGCGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGtt > 1:7307717/1‑150 (MQ=255) cccacgggCGTCACAGGCCCTTGGGG‑GGTGTGGTACCTGTCGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTa < 2:5010035/145‑1 (MQ=38) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:3759033/1‑150 (MQ=255) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:1862327/1‑150 (MQ=255) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:1425537/1‑150 (MQ=255) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:6573562/1‑150 (MQ=255) acaAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAg > 1:1205274/1‑150 (MQ=255) ccggggCGCCACTTGCCCTTGGGG‑GGTTTTGTACGTGTAGGTGGGGTTTTCCCCGCGACGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAgc < 2:1318917/147‑1 (MQ=255) cacgggCTTAACATGCCCTTGGGC‑GGTGATTTACCTGTAGGAGCGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAgc < 2:3013270/147‑1 (MQ=39) caAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAgcgc < 1:898772/138‑1 (MQ=255) gggCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCa < 1:5495862/150‑1 (MQ=255) | GGCACGCAGTTCGAGGATACGGGTTTCGGCGGTCATGGGATTTGTCTTCTCTTGCAAAGCAAAAGAGCAGCTTGGGGTGGTGCGTGGGGTTCCAGGTGTCTGTTGACTGTGCCAGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGCGTCACATGCCCTAGGGC‑GGTGATGTACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACGACGATACCCGAACCGGCCAGCACGCCCTCAGGCTGCTCTTTCGTCTGGATCTGTCAGCGCTTCTGGGTTAGCGCACG > NC_002947/4866008‑4866303 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |