| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,200,982 | G→A | 5.1% | S177L (TCG→TTG) ‡ | ybgJ ← | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,200,982 | 0 | G | A | 5.1% | 1487.7 / 42.4 | 454 | S177L (TCG→TTG) ‡ | ybgJ | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (198/233); new base A (11/12); total (209/245) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 461 total aligned reads displayed.
CCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAG‑GGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGGGCAAAC > NC_002947/5200833‑5201131 | tCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGAt > 1:5506626/1‑150 (MQ=255) tCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGAt > 1:563237/1‑150 (MQ=255) tCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGAt > 1:3721720/1‑150 (MQ=255) accaccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCgg > 1:4929832/1‑150 (MQ=255) accaccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCgg < 1:3565295/150‑1 (MQ=255) accaccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGAGCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCgg > 2:5543000/1‑150 (MQ=255) ccaccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCggg > 1:207811/1‑150 (MQ=255) caccCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGt > 1:231559/1‑150 (MQ=255) accCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTa > 2:4888875/1‑150 (MQ=255) cccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCAGTATCGCCGGGtgg < 1:3401622/150‑3 (MQ=255) cccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCAGTATCGCCGGGtgg < 1:2710176/150‑3 (MQ=255) ccATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAgg > 1:3142965/1‑150 (MQ=255) cATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCTACCCGGCAGTATCGCCGGGtggct < 1:3786370/150‑5 (MQ=255) cATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCTACCCGGCAGTATCGCCGGGtggct < 1:138761/150‑5 (MQ=255) gCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGgccgcc < 1:901846/150‑1 (MQ=255) ccAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGccgccg > 2:333931/1‑150 (MQ=255) aGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTc > 1:3268934/1‑150 (MQ=255) ggAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCt < 2:5218359/150‑1 (MQ=255) ggAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCt < 2:2343843/150‑1 (MQ=255) aTTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGgc < 2:5091711/150‑1 (MQ=255) gCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTc > 1:4098249/1‑150 (MQ=255) tGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCgg < 1:527535/150‑1 (MQ=255) tGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCgg > 1:280796/1‑150 (MQ=255) 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gATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAG‑GGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGGGCAAac > 2:6830784/1‑150 (MQ=255) | CCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCTTGCGTGGGGTACTCAGACGAG‑GGCTGGCCAGGCGCTCGTCGACCAGGCCCATGAAGCCGAAACCCGGTGCGAAGCCCAGGGCAAAC > NC_002947/5200833‑5201131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |