| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,204,642 | G→C | 7.5% | intergenic (+20/+53) | PP_4579 → / ← PP_4580 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,204,642 | 0 | G | C | 7.5% | 749.6 / 36.9 | 225 | intergenic (+20/+53) | PP_4579/PP_4580 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/134); new base C (3/14); total (77/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GCCGAGCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCACAAAA > NC_002947/5204493‑5204791 | gccgAGCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAg > 1:3501854/1‑150 (MQ=255) cgAGCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCg < 2:758658/150‑1 (MQ=255) gAGCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCgg > 2:1255217/1‑150 (MQ=255) aGCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGcaag < 2:3714256/150‑4 (MQ=255) gtGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCtt < 2:4507833/149‑1 (MQ=255) tGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCttt < 1:5418979/150‑1 (MQ=255) tGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCttt > 2:4660364/1‑150 (MQ=255) tggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg < 1:6733383/150‑1 (MQ=255) tggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg < 2:3885644/150‑1 (MQ=255) tggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCGTTAGCgg > 1:4995965/1‑150 (MQ=255) ggtggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCggg < 1:7269983/150‑1 (MQ=255) tggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCa < 2:3772559/150‑1 (MQ=255) tggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCa < 1:1255184/150‑1 (MQ=255) tggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTACCGGCCCTTTCGCGGGCa < 1:6708722/150‑1 (MQ=255) ggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGcct > 2:1524812/1‑148 (MQ=255) ggtggCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCAt < 2:52091/150‑1 (MQ=255) gtggcgtggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATg > 2:2329071/1‑150 (MQ=255) gcgtggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGccc < 2:6994726/150‑1 (MQ=255) gtggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCcgc < 1:6899677/150‑1 (MQ=255) gtggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCcgc < 1:5557567/150‑1 (MQ=255) gtggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCcgc < 2:5348208/150‑1 (MQ=255) gtggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTACCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCcgc < 1:4679288/150‑1 (MQ=255) gtggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTACCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCcgc < 1:2873367/150‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGa < 2:20726/150‑1 (MQ=255) gcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaa > 2:5492425/1‑150 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 2:2791699/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 2:3195514/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 2:3652155/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 1:5922050/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 2:3631990/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 1:1796239/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 1:3287554/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 2:482061/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGGATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 2:4529349/150‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGCTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCACCTGTACCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGaaa < 1:2332036/150‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 2:3739665/150‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 2:2252747/150‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 2:1457883/150‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 1:1161020/150‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTACCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 2:5605218/150‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTGTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 2:2702782/150‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGGTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTGGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 1:1001256/150‑1 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAgg < 1:4416690/150‑1 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCACCTGTACCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAgg < 1:2140331/150‑1 (MQ=255) tccGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTTTGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAggg < 1:3050633/149‑1 (MQ=255) aCCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAggg > 2:5565380/1‑150 (MQ=255) aCCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCGTTAGCGGGGATGCCCCCCAAAtgg > 1:3720059/1‑150 (MQ=255) ccGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGc < 2:6725052/150‑1 (MQ=255) ggggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg < 2:4324694/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGTTGGTCGATGAGGAGGTTGGGGTGTGCCGGAAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGAACGTCCTGTTCTCACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCAATTCGCGGGCATGCCCCAGAAAGGGcccg > 2:3403007/1‑148 (MQ=255) gTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCggta > 1:2395643/1‑150 (MQ=255) gTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCggtacaggt > 1:7155122/1‑150 (MQ=255) gTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCACCTGTACCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAgg > 2:5093840/1‑138 (MQ=255) gTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCACCTGTACCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAgg < 1:5093840/138‑1 (MQ=255) ggTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCggtacaggtaca < 1:4840624/150‑1 (MQ=255) gTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCGTTAGCGGGGCTGCCCCCGAAAGGGCCgggacagggacac > 1:7028365/1‑149 (MQ=255) cgttGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGGGGTATGCGCGGTATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACAAACAGTCTCCGCCTGTTGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTAcagca < 2:3167145/147‑1 (MQ=39) aTGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGa < 2:4208991/150‑1 (MQ=255) tgcggtggtTGGGGTTTGCCGGCTGGTGTTGGCGCGGTTTGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATGGTGCTGGTGTTACCAACAGTCCCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGaa < 2:3116252/147‑1 (MQ=38) tGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGaa < 1:6096928/150‑1 (MQ=255) ggtggtTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACtt > 2:3576862/1‑150 (MQ=255) ggtggtTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTAAAGGTACAGCCGAACtt > 1:5477939/1‑150 (MQ=255) tggtTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAg > 2:5209558/1‑150 (MQ=255) gggtTGGGGTTTGCCGGCTGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAg < 2:5151607/149‑1 (MQ=255) gtTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCATTAGCCGGCAATCCCCCGAAAAGGCCCGTACAGGTAAAGCAGAACATAgcg > 1:5870335/1‑150 (MQ=255) gggTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCac > 1:2366458/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCCTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCtt > 2:1561026/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTca > 2:4015050/1‑150 (MQ=255) tgtTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGTATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCaccacc < 2:2733069/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCCTGCCCCCGCAACGGCCGGGACCGGTGCAGCAGAACATAGCGCCCGCGCTCTTTGACCACCCGgc > 1:162691/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTgcg > 2:5004639/1‑150 (MQ=255) cgcgGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTgcgc > 2:1152330/1‑150 (MQ=255) gcgGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTATGGCGGGCCAGCCCCCCAAAAGGCCGGGTCAGGTTGAGCAGAAAATAAAGCCAGCTCTGTATAAACACCCAGcgcc > 1:852240/1‑150 (MQ=255) tttgggggggTTGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTGTGACCAACAGTCTCCGCCTGTCGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGccgccc < 1:6433132/143‑1 (MQ=39) aTGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGccgcccg < 1:4247602/150‑1 (MQ=255) gcgcGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCGGACCAACTGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCcgcccgcc < 1:621613/150‑1 (MQ=255) cgGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAg < 2:2395643/150‑1 (MQ=255) cgGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAg < 2:6194435/150‑1 (MQ=255) gggATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAgg < 2:4278898/150‑1 (MQ=255) gggggCAGCGGAGCGTGCGGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATcagccag < 2:6507824/148‑1 (MQ=255) aGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATc > 2:612754/1‑150 (MQ=255) aGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCGTTCGCCGGCATGCCCCCGAAAGGGCCGGTGCAGGTACAGCACAACGTAGCGCCCGCGCTCGTTCACCACCCGGCCCCGCCCGCCCACGATCAGCCAGCCaaac > 2:2534996/1‑148 (MQ=255) cGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATccc > 2:5754271/1‑150 (MQ=255) cGGATCGTGCTGGTCTGACAAACAGTCTCCGCCTTTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATccc < 1:2573071/150‑1 (MQ=255) gATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCa < 2:324338/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACa > 1:4898462/1‑150 (MQ=255) gatctCTGACAACCCGGCTCCGGCTGTAGGGGCCGTTTCGGGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAg < 1:3722590/146‑1 (MQ=255) tGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCCGCCAGCCAATCCCCAGCAACAgg > 2:7223366/1‑150 (MQ=255) tGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAgg < 2:7399919/150‑1 (MQ=255) cTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:6329753/150‑1 (MQ=255) tGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTc < 2:3501854/150‑1 (MQ=255) tGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCATTCGCGGGGCTTCCCGCGAAAGGGCCGGGACAGGTACAGCAGAACGTTGCGCCAGCTCTCGTTGCCCACCCGGCGCCGCCCGCCCACGATCAGCCCGCCCAACCCCCGCAACAggagatc > 2:3722590/1‑145 (MQ=255) gACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGCTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCACTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCg < 2:4965648/150‑1 (MQ=255) ccAACAGTCGCCGCCTGGCGCGGCCCTTTCGCGGGCAGGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAc < 1:1031149/150‑1 (MQ=255) cAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc > 2:7417609/1‑150 (MQ=255) cAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCGTTCGAcc > 2:6620675/1‑150 (MQ=255) gCCTGTCGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAg < 1:5711407/150‑1 (MQ=255) gCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAg < 1:5143861/150‑1 (MQ=255) tAGCGGCCCTTTCGCGGGCCTTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCCAACCCCAGCCACAGGCATTCGACCACCAAGGCCAGCACaa > 2:7120978/1‑150 (MQ=255) tAGCGGCCCTTTCGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCACCAACAGGCGTTCGACCACCAAGGCCAGcacca > 2:5821192/1‑148 (MQ=255) | GCCGAGCCTTGAGCTGGTGGTGGCGTGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCACAAAA > NC_002947/5204493‑5204791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |