| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,349,464 | C→G | 19.8% | intergenic (+42/‑136) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,349,464 | 0 | C | G | 19.8% | 396.6 / 87.8 | 156 | intergenic (+42/‑136) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/64); new base G (17/14); total (78/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCG > NC_002947/5349315‑5349613 | gggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCGCGTGGC‑GGGGGAA‑‑CACC‑‑CCCACCACGCAA‑cc > 1:245821/1‑149 (MQ=21) gggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCGCGTACC‑GGGTTAA‑‑ACCC‑‑CCCCCCACGCAA‑cc > 1:3165726/1‑149 (MQ=21) cGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGt < 2:4562689/150‑1 (MQ=255) gTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGtt < 1:2029253/150‑1 (MQ=255) tttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTa < 1:2458925/150‑1 (MQ=255) tACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTAcc < 2:3220906/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTc < 2:7129714/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 2:1410452/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 2:1607096/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 2:1607382/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 1:1086497/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 1:5237301/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 2:6689147/150‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAg < 2:4748471/150‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAg < 2:6257582/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAggc < 1:4700173/150‑2 (MQ=37) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:5634403/150‑1 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 2:699250/150‑1 (MQ=255) tCGGGAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 1:1584260/150‑1 (MQ=255) cGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGt < 2:6158607/150‑1 (MQ=255) ggTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGtt < 2:6318946/150‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGttt < 2:1882737/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTGAA‑‑CCCC‑‑CCGACCACGCCA‑CGCGGTTCCGCCTGGGGGCGGGgttg > 1:1660507/1‑149 (MQ=25) tAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTa < 2:7408707/150‑1 (MQ=255) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:566670/140‑1 (MQ=255) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg > 2:566670/1‑140 (MQ=255) ggAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTAGGAGGAGCGGGTTTA‑CCc‑gcg > 2:3823831/1‑150 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGaa < 2:2839764/150‑1 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGaa < 1:647917/150‑1 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGaa < 1:3115114/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAaga < 1:6119886/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑ACCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGGagg > 2:5075304/1‑149 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACGTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAaga < 1:1235369/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAggc < 2:3839378/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCGCGTGGCGGGGTAAA‑‑ACCC‑‑CCAACCAGCCCA‑CCCGTAACGACGGGGGGGGGGGTTTA‑CCC‑CCCAAgggg > 1:1855229/1‑150 (MQ=19) cgcCGAAGACGGTTCCACCCACGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGGGGTTGATCCGAGCTTGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCTTTACCTGGTTGGTGCGGTTTTA‑CCC‑GCGAAGAggccg < 1:469790/150‑1 (MQ=38) cgcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAggccg < 2:2947240/150‑1 (MQ=255) cTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAg < 2:2209953/99‑1 (MQ=255) cactaccCCCGCGGCCGGCCCCGCGGTGGACCCGTGCTTGGGCCGCCGTCTGCGC‑GGGTAAC‑‑CCCG‑‑CCTACCCGGCAA‑CGCGTGACGGCGTAGGCGCGGGTGTC‑CCC‑GGGAAGGGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACt < 2:4514472/149‑1 (MQ=255) ctactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGt < 2:6795962/150‑1 (MQ=255) caactACCGCGCCCGACACCCCGTTTCAACCGACCTTGTCCCGGCCACTACGC‑GCCAAAA‑‑CCCC‑‑CCTACCACCCAA‑CCCCTAACCTCGTAGCAGCCGGTTAA‑CCC‑GCCAACAGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCACCTACACTGt < 2:6090469/148‑1 (MQ=255) tactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑GCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑GGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CAC‑GCGAAGATGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGtg > 2:1096886/1‑149 (MQ=255) ttCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCAACCAGGCAA‑CGCGGTACCGCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑CCGCAGAGGCCGGCCCCCGTTGAACACCGCACCCCGCTACACGGTCTTa > 2:7235189/1‑150 (MQ=37) ttCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGC‑GGGTAAA‑‑ACCG‑‑CCTAACAGGCAA‑CGCGTTACCTAGTAGGAGCGGGTTTA‑ACC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTTAAAAACGCTACCAGCTAAAATGTATTa > 2:1638718/1‑150 (MQ=255) cggcgGCCGCCCCCGGGTTTGACCCGGGTTTGGGCCGCCCTC‑TCGG‑GGGTAAA‑‑CCCC‑‑CCCAACCCGCAACCGGGTACCCGCTTCGGCG‑GGTTTTA‑CCCGGCGACGCGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 2:245821/148‑1 (MQ=255) ccGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCGGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCTTTACCTCGTAGGTGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 2:4220153/150‑1 (MQ=255) gttttaTCCGGTCTTGTGCCGGCCTTTGCGG‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTCCCCGGAAC‑CGGGTTACGTGGTTGGGGCGGTTTTA‑CCG‑GCTAAGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGt < 2:3454148/145‑1 (MQ=255) tCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGGTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCACCTACACTGTCTTATAGAATAGCCGGTGCAGTCCATCg > 2:6478501/1‑150 (MQ=255) tCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCC‑‑CCTAACAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGGAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCCGCTACACAGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATcc > 2:5732763/1‑149 (MQ=39) tCCGAGCTTGTGCCGGCCTCGTCGC‑GGGTAAA‑‑ACCC‑‑CCAAACAGGCAA‑AGCGTTTGCGGGGTGGCGCGGGGTTA‑CCC‑GCGAAGAGGGCGGCCCACGGTTTACACCCCCCCCAGCTACCCATTCTTATAGAATATCCCGTGGAGTCCATCg > 2:4438617/1‑150 (MQ=255) cGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCCA‑CGCGTTAACTCGTAGGAGCGGGTTTA‑ACC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAAAACCGCTCCCAGCTACACGGTCTTATAGAATATCCGTTGCAGTCCATAGcc > 2:575781/1‑150 (MQ=38) gAGCTTGTGCCGGCCGCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCGCCCAGGCAA‑CCCGTTACCTCGGAGGGGCGGGTTTA‑ACC‑CCCCAGAGGCCGGCCCACGGTGAAAAACGCACCCAGCTACACGGTCATATAGGATAGCCCTTGGACTCCATCGccc > 2:4353805/1‑150 (MQ=255) tgtgCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGAAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTAc < 2:6640836/150‑1 (MQ=255) tgCCGGCCTCTTGGC‑GGGAAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTTGGTGGGGTTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa < 2:4812899/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCCCT‑‑CCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCACGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAAAAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCGTACAagg > 2:4605321/1‑149 (MQ=17) cGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCAACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAagag > 2:3663005/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTCGC‑GGGTAAC‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCTTGACCTCGTAGGAGCGGTTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa < 2:1023286/150‑1 (MQ=255) ctctTCGG‑GGTAAAA‑‑CCCG‑‑CCTCCCGGGAAA‑CGCTTCACCTGTTTGGTG‑GTGTTTACCCC‑GCGATTCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAgg < 2:2021554/150‑1 (MQ=255) ctctTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACAGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAgg > 2:7054536/1‑150 (MQ=255) tctTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa > 2:4592040/1‑150 (MQ=255) tctTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCGACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAATAGCAGGa > 1:7236213/1‑150 (MQ=255) ggc‑gGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga > 1:2820604/2‑140 (MQ=255) gc‑gGGTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa > 1:6921697/1‑110 (MQ=11) gc‑gGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 1:372467/1‑150 (MQ=255) gc‑gGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGAAGGaccacc > 2:5503795/1‑150 (MQ=255) gggTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCg > 1:821631/1‑150 (MQ=21) gggTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa > 1:3627674/1‑140 (MQ=18) gggTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa < 2:3627674/140‑1 (MQ=18) gggTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCg > 2:5746308/1‑150 (MQ=21) ggTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGc > 2:2302020/1‑150 (MQ=255) ggTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGc > 2:1865062/1‑150 (MQ=255) gTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 2:4089218/1‑150 (MQ=21) gTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 2:4089125/1‑150 (MQ=21) gTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 2:5324119/1‑150 (MQ=255) tAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa > 1:3897300/1‑132 (MQ=255) tAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa < 2:3897300/132‑1 (MQ=255) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGt > 1:1550863/6‑111 (MQ=18) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGt < 2:1550863/106‑1 (MQ=18) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATc < 1:7339799/111‑1 (MQ=18) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATc > 2:7339799/6‑116 (MQ=18) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa < 1:7371509/130‑1 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtgc > 1:5374058/6‑148 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:5219019/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 2:1420758/145‑1 (MQ=25) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:1105572/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:430710/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:4394509/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:3351778/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:4466406/1‑150 (MQ=255) tccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAg < 1:5397095/128‑1 (MQ=25) ccTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGat > 2:2918310/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:2340511/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:2340371/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:1759923/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:4518687/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 1:1825889/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 2:2481281/1‑150 (MQ=255) ccAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 1:1355578/1‑150 (MQ=255) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:3146603/1‑150 (MQ=255) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTAGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:5886684/1‑150 (MQ=255) | CTGGGCAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCG > NC_002947/5349315‑5349613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |