Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,349,477 | A→G | 21.2% | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,349,477 | 0 | A | G | 21.2% | 349.1 / 79.5 | 161 | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/55); new base G (19/14); total (89/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAG > NC_002947/5349328‑5349626 | tttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTa < 1:2458925/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTc < 2:7129714/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACGTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTc < 1:5763312/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGTCGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 2:6795484/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 1:1086497/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 2:1607096/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 2:3052200/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTa < 1:5237301/150‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAg < 2:6257582/150‑1 (MQ=255) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAg < 2:4748471/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAggc < 1:4700173/150‑2 (MQ=37) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:5634403/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:4130262/150‑1 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 2:699250/150‑1 (MQ=255) tCGGGAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 1:1584260/150‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑ttt < 2:1882737/150‑1 (MQ=255) tAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTa < 2:7408707/150‑1 (MQ=255) ccTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑ccc < 2:3888676/150‑1 (MQ=21) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg < 1:566670/140‑1 (MQ=255) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCgg > 2:566670/1‑140 (MQ=255) ggAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCc‑gcg < 2:1166156/150‑1 (MQ=21) ggAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTAGGAGGAGCGGG‑TTTA‑CCc‑gcg > 2:3823831/1‑150 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCaaa < 2:4487779/150‑1 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGaa < 1:4363183/150‑1 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGaa < 1:647917/150‑1 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGaa < 1:3115114/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑ACCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGGagg > 2:5075304/1‑149 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACGTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAaga < 1:1235369/150‑1 (MQ=255) aTCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑ACCG‑‑CCTACCAGGCCA‑CCCGGTAACTCGGATGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑CCGAAAAGGCCCGCCCACGTTGAACACCGCACCCACCTac > 2:6218370/1‑150 (MQ=255) caactACCGCGCCCGACACCCCGTTTCAACCGACCTTGTCCCGGCCACTACGCGCCAAAA‑‑CCCC‑‑CCTACCACCCAA‑CCCCTAACCTCGTAGCAGCCGG‑TTAA‑CCC‑GCCAACAGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCACCTACACTGt < 2:6090469/148‑1 (MQ=255) tactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑ACCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTTAACAACGCACCCAGCTACACTGTc > 2:1096868/1‑150 (MQ=255) ttCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCAACCAGGCAA‑CGCGGTACCGCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑CCGCAGAGGCCGGCCCCCGTTGAACACCGCACCCCGCTACACGGTCTTa > 2:7235189/1‑150 (MQ=37) cggcgGCCGCCCCCGGGTTTGACCCGGGTTTGGGCCGCCCTC‑TCGGGGGTAAA‑‑CCCC‑‑CCCAACCCGCAACCGGGTACCCGCTTCGGCG‑GGT‑TTTA‑CCCGGCGACGCGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 2:245821/148‑1 (MQ=255) cacgggggTTGACCCGCGGTTGTGCCGGCCTCTGCGGGGGAAAC‑‑CCCG‑‑CCTCCCCGGCAA‑GGGGTTCCCTGGTTGGCGGGGG‑TTTC‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGt < 2:1611925/144‑1 (MQ=255) cgggggTTGATCCGCGCTTGGGCCGGCCTGTTCGCGGGTAAC‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGAAA‑CGCTTTACCTCTTTGGAGGGGT‑TTTC‑CCC‑GCTAAGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg < 2:5741524/146‑1 (MQ=255) gttttaTCCGGTCTTGTGCCGGCCTTTGCGGGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTCCCCGGAAC‑CGGGTTACGTGGTTGGGGCGGT‑TTTA‑CCG‑GCTAAGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGt < 2:3454148/145‑1 (MQ=255) gTTGATCCGTGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAC‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTCGGTGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTc < 2:234344/150‑1 (MQ=255) tCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCC‑‑CCTAACAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGGAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCCGCTACACAGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATcc > 2:5732763/1‑149 (MQ=39) tCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAA‑‑ACAG‑‑CCTACCACGCAA‑AGCGTTACCTCGGAGTAGAGGG‑TTTA‑CCC‑CCGAAGAGGCCCGCCCAGGTTTAACAACGCACCCACCTAAAATGTATTAAAGAATAGCCGTTGGAGTCCATcc > 2:6478169/1‑149 (MQ=255) cGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCCA‑CGCGTTAACTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑ACC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAAAACCGCTCCCAGCTACACGGTCTTATAGAATATCCGTTGCAGTCCATAGcc > 2:575781/1‑150 (MQ=38) gAGCTTGTGCCGGCCGCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCGCCCAGGCAA‑CCCGTTACCTCGGAGGGGCGGG‑TTTA‑ACC‑CCCCAGAGGCCGGCCCACGGTGAAAAACGCACCCAGCTACACGGTCATATAGGATAGCCCTTGGACTCCATCGccc > 2:4353805/1‑150 (MQ=255) cgCTTGTGCCGCCCTCTCCGGGTGAAAA‑‑CCCC‑‑CCT‑CCCCGCAA‑CGGCGTACCCTGTTGGTTGGGTTTTTA‑CCG‑GCTACGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGcccc < 2:1440341/149‑1 (MQ=255) ttGTGCCGGCCTCTTCGGGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCTGGAAA‑CGCGTTACCTGGTAGGAGCGGT‑TTTA‑CCC‑GCGATGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTa < 2:1683869/150‑1 (MQ=255) tgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGAAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTAc < 2:6640836/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCT‑‑CCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCACGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAAAAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCGTACAagg > 2:4605321/1‑149 (MQ=17) cGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCAACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAagag > 2:3663005/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTAAC‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCTTGACCTCGTAGGAGCGGT‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa < 2:1023286/150‑1 (MQ=255) ctctTCGGGGTAAAA‑‑CCCG‑‑CCTCCCGGGAAA‑CGCTTCACCTGTTTGGTG‑GTG‑TTTACCCC‑GCGATTCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAgg < 2:2021554/150‑1 (MQ=255) tgtgcgcgGTAAAC‑‑CCCG‑‑CCTACCGGGAAC‑CGGGTTCCCTGGTCGGTGGGGT‑TTTC‑CCG‑GCTTCGTGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa < 2:3165726/146‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa > 2:4592040/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCGACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAATAGCAGGa > 1:7236213/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGacc > 2:3477773/1‑150 (MQ=255) ggcgGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga > 1:2820604/2‑140 (MQ=255) ggcgGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga < 2:2820604/139‑1 (MQ=255) gcgGGTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa < 2:6921697/110‑1 (MQ=11) gcgGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 1:372467/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGAAGGaccacc > 2:5503795/1‑150 (MQ=255) gggTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCACCGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTCCACGAGCAGGACCACCCg > 2:4343674/1‑150 (MQ=18) gggTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa > 1:3627674/1‑140 (MQ=18) gggTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCg > 1:7065976/1‑150 (MQ=255) ggTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGc > 1:7281345/1‑150 (MQ=255) gTAAA‑‑CCCGCTCCTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 2:4089218/1‑150 (MQ=21) gTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 2:5324119/1‑150 (MQ=255) tAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa < 2:3897300/132‑1 (MQ=255) a‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:4553388/1‑150 (MQ=255) cccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 2:6506385/1‑150 (MQ=255) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGt < 2:1550870/106‑1 (MQ=18) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGt > 1:1550863/6‑111 (MQ=18) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATc > 2:7339799/6‑116 (MQ=18) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGa < 1:7371509/130‑1 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtgc > 1:5374058/6‑148 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 2:1420758/145‑1 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:5219019/6‑150 (MQ=25) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:1105572/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:3351778/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:4394509/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:6234883/1‑150 (MQ=255) cG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCg > 1:1781001/1‑150 (MQ=255) tccTACGAGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAg < 1:5397095/128‑1 (MQ=25) ccTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGat > 2:2918310/1‑150 (MQ=255) ccTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGat > 1:305046/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:1759749/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:2340371/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:2340511/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:4518687/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 1:1825889/1‑150 (MQ=255) ccAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 1:1355578/1‑150 (MQ=255) gaGGTAA‑CGCGTTGCCTGGTA‑‑AGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:2222967/2‑150 (MQ=38) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 1:4671232/1‑150 (MQ=255) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:2201493/1‑150 (MQ=255) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:2889783/1‑150 (MQ=255) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:3146603/1‑150 (MQ=255) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAGGTTCGATATCCg > 2:5886898/1‑150 (MQ=255) cAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTAGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:5886684/1‑150 (MQ=255) ggCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:1657809/1‑150 (MQ=255) aa‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAAt > 1:2152917/1‑150 (MQ=255) aa‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAAt > 1:1637747/1‑150 (MQ=255) aa‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAAt > 2:4664005/1‑150 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc > 2:4840281/1‑150 (MQ=255) aaCCTCCTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCa < 2:3628200/149‑1 (MQ=255) | TTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑‑CCCG‑‑CCTACCAGGCAA‑CGCGTTACCTCGTAGGAGCGGG‑TTTA‑CCC‑GCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAG > NC_002947/5349328‑5349626 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |