| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,451,292 | A→C | 9.5% | E147A (GAG→GCG) | thiE → | thiamine‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,451,292 | 0 | A | C | 9.5% | 679.1 / 6.0 | 292 | E147A (GAG→GCG) | thiE | thiamine‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (167/87); new base C (7/30); total (175/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-07 | |||||||||||
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Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CCGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTCACCCGCC > NC_002947/5451143‑5451441 | ccGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCGGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGa < 1:6719118/150‑1 (MQ=255)ccGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTTGCCGCTTCTTCTATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGa < 2:7367010/150‑1 (MQ=255) cGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTGTGGCCGCTTCTTCAATTCGGGCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCACCGTCGGCCTGCTCGAg > 2:4763401/1‑150 (MQ=255) gTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCGGCTCGAGc > 2:3239495/1‑150 (MQ=255) cAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAg < 2:6457858/150‑1 (MQ=255) aGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGGCGGCTCGCGCAgg > 1:6876790/1‑150 (MQ=255) aGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAgg > 2:6265520/1‑150 (MQ=255) ggCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCCGGc > 2:4011046/1‑150 (MQ=255) cAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGccc > 2:6221101/1‑150 (MQ=255) gggCTCCACCTGCCCCGCCAGCCTCGTACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGATGGCGCCTGCTTGGTGGCCTTTGGCGGCTCCTTAATTTCTGTCACCACGCGGGGCGCGCCG‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCa < 1:3544276/149‑1 (MQ=255) ggCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCGGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAg < 2:6742724/150‑1 (MQ=255) cACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCCGGTGaa > 1:6267433/1‑150 (MQ=255) aCCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCACCGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGaaa < 2:2847752/150‑1 (MQ=255) ccTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAAc < 2:4198338/150‑1 (MQ=255) gCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCCGGCCCGCGCCCCGGTGACACAGc > 1:7226572/1‑150 (MQ=255) cAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCACGTGAAACTGCCGCTCGc > 2:1749793/1‑150 (MQ=255) gCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGACGGCGCCAGCTACGTGACCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCACCGTCGGCCTGCTCGAGCCGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCg < 2:881560/150‑1 (MQ=255) ccTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCATTTGGCCGATTCTTAAATTCTGGCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCGCCCCACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGt < 2:654527/150‑1 (MQ=255) 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ccggCCGCCCCGGCGGCCAGCGACGGCGCCAGCTCCGTGGCCTTCGGCCGCTTCTTCAATTGTGTCACCACGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCACCGTCGGCCTGCTCGCGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGt < 2:3547916/148‑1 (MQ=255) cTGGCCCCCAAGGCTCCCAGCCAACGCCCAAGCTACGTGCCCTTTCGCCGCTAATACAATTCTCACCCCACCCCGGCCGCCCCC‑GCTGCCAACGACCCCCTGCTCCACCAGCCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGt < 2:1287285/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCCTGGCTGCCCGCGAGGGCGCCTGCTCGGGGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATGCGGGCACCACGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCCCCGGCGGCCGGCGGGCGCCGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTgg < 2:1415951/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCCTGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCGGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGCGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTgg < 2:1970443/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCCCGGCTGCCAGCGACGGCGCCAGCTAGGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCACGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGCGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTgg < 1:1766137/150‑1 (MQ=255) 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aTTCTGCCACCCCGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCACCGGCGGCCTGCTCGCGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCgg < 1:1105265/150‑1 (MQ=255) tCTGTCACCCCGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCACCGTCGGCCTGCTCGCCCCGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTg < 2:211226/150‑1 (MQ=255) tGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACAGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCAACACCCACGACAACGCCGCCCCACAGGTCGCCCACGGCGCCGACCAGCTGGCGGTGAt > 1:6147363/1‑150 (MQ=255) aCCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGGGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCAc > 1:480340/1‑150 (MQ=255) aCCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCACGTGAAACTGCCGATCGCCCTGATCGGTGGCATCACCCCCGACAACGCCGCCCCACAGGTCGCCCACCGCGCCGCCCTGCTGGCGGTGATCCAc > 1:2036779/1‑150 (MQ=255) aCCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCGCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCCACAACCCCGCCCCACGGGTCGCCCACCGCCCCGACCAGCTGGCGGTGATCCAc > 1:499204/1‑150 (MQ=255) cctcgcggggCGCGCCC‑GCTGCCACCGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACg < 2:3720927/143‑1 (MQ=255) ggcagcGGGCGCGCCCGGCTGCCAACGTCGGCCGGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGGGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCCTCACCCGCGACAACGCCGCCCCACACGTCGCCCACCCCGCCCACCAGCAGGCGGTGATCCAcc > 1:2557624/6‑149 (MQ=255) aaGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCGCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCCCCCCACAGGTCGCCCACCGCGCCGCCCAGCTGGCGGTGATCCACGGc > 1:6452035/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGCTCGGGGGCATCACCCGCGACAACGCCGCCCCCCTGGTCGCCCATGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTg > 1:4706347/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTc < 2:6595256/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCg > 2:2424700/1‑150 (MQ=255) gcgcCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGt < 2:4309185/150‑1 (MQ=255) ccc‑GCTCCAACCGTCGGCCGGCTCGCGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGcc < 2:6983961/150‑1 (MQ=255) cc‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCg > 2:2897828/1‑150 (MQ=255) ccAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAgcg > 1:2991338/1‑150 (MQ=255) gggCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGa > 2:5766923/2‑150 (MQ=255) ggCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGaa > 1:3219161/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGc > 2:1493209/1‑86 (MQ=255) cTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGc < 1:1493209/86‑1 (MQ=255) ggCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTCa < 1:6594048/149‑1 (MQ=255) gAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCg > 1:120154/1‑121 (MQ=255) | CCGTCAGGCAATCATCGGCTCCACCTGCCACGCCAGCCTCGAACTGGCCGCCCAGGCTGCCAGCGAAGGCGCCAGCTACGTGGCCTTTGGCCGCTTCTTCAATTCTGTCACCAAGCCGGGCGCGCCC‑GCTGCCAACGTCGGCCTGCTCGAGCAGGCCCGCGCCCAGGTGAAACTGCCGATCGCCGTGATCGGTGGCATCACCCTCGACAACGCCGCCCCACTGGTCGCCCACGGCGCCGACCTGCTGGCGGTGATCCACGGCTTGTTCGGTGCCGACAGCGCGCAGGAAGTCACCCGCC > NC_002947/5451143‑5451441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |