| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,527,790 | T→A | 5.5% | intergenic (+27/+13) | PP_4856 → / ← yhjG | Dps family ferritin/protein YhjG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,527,790 | 0 | T | A | 5.5% | 950.1 / 27.0 | 279 | intergenic (+27/+13) | PP_4856/yhjG | Dps family ferritin/protein YhjG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (146/115); new base A (7/9); total (154/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TACCGCGAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCCACCACCC > NC_002947/5527641‑5527939 | cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc < 1:7125787/150‑1 (MQ=255) cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc < 1:3725508/150‑1 (MQ=255) aTCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGcccc < 1:4468533/150‑1 (MQ=255) aTTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCtttt > 1:2811974/1‑139 (MQ=255) ttCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGc > 1:5072875/1‑150 (MQ=255) ttCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTga < 1:2510559/150‑2 (MQ=255) ttCAATACATCGGGGAGAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATAGGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCGCAAGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTga < 2:4756544/150‑2 (MQ=255) tCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTgag < 1:6484500/150‑3 (MQ=255) tCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCGCAAGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTgag < 2:3485639/150‑3 (MQ=255) aaTACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCGTCGAAGCCATCCTGGCGCAGGAAGAGGCGCACGCGGACGAGATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCGTGTGCGGCCCCTGGCTAt > 1:3404228/1‑150 (MQ=255) tCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGt > 2:4019176/1‑150 (MQ=255) gcGGGGATAACGACCCGCCGACCCGTCGTATCTTCGAAGACCTCCCGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGGCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGt < 2:5238294/149‑1 (MQ=255) gggATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCt > 1:5132296/1‑150 (MQ=255) ccGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGt > 2:230641/1‑150 (MQ=255) ccGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGt < 2:2810016/150‑1 (MQ=255) cccGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGcc > 2:687014/1‑150 (MQ=255) tATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTtgcctg > 2:3843852/1‑150 (MQ=255) aTCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTGGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATGTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTtgcctgc < 2:2174100/150‑1 (MQ=255) 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gaggagCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCa < 1:6171401/150‑1 (MQ=255) gCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCGCAAGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTgaggg < 2:172079/83‑5 (MQ=25) aCGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGGCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTc < 2:4402520/150‑1 (MQ=255) gcgGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCgg > 1:1109364/1‑150 (MQ=255) gcgGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCgg < 2:4504314/150‑1 (MQ=255) cGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCAt < 1:7388245/150‑1 (MQ=255) 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acacCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCATGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGCTGTGCACAGGTTCGGGTCAACCCCGCAGCAGGGCGCAATCACCGCCCGCAAaccccc > 1:2639032/1‑148 (MQ=255) acacCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGATATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgc < 1:6344896/150‑1 (MQ=255) acCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCGTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACAGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACccccccc > 1:3094687/1‑149 (MQ=255) cTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgccg > 1:1528050/1‑150 (MQ=255) tCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCgg > 2:5517203/1‑150 (MQ=255) aaGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCa > 2:6081973/1‑132 (MQ=255) aaGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCa < 1:6081973/132‑1 (MQ=255) aGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGccc > 1:4843310/1‑150 (MQ=255) ggggCCGCTTTTGCGGCCCCTCGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCt > 2:831984/1‑150 (MQ=255) ggCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGc < 2:5072875/150‑1 (MQ=255) 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ttttGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCcaccac > 1:4675389/1‑150 (MQ=255) ttttGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCcaccac < 1:561254/150‑1 (MQ=255) | TACCGCGAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCCACCACCC > NC_002947/5527641‑5527939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |