| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,653,982 | C→G | 6.2% | Q28H (CAG→CAC) ‡ | ygjP ← | metal‑dependent hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,653,982 | 0 | C | G | 6.2% | 1101.4 / 43.7 | 326 | Q28H (CAG→CAC) ‡ | ygjP | metal‑dependent hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (156/149); new base G (14/7); total (170/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
AGGTTTGGCGCACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGATAAGC > NC_002947/5653833‑5654131 | aGGTTTGGCGCACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGcc > 2:2905622/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCa < 1:5851516/150‑1 (MQ=255) gcgcACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGt > 1:1845366/1‑150 (MQ=255) gcgcACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGt < 2:2884750/150‑1 (MQ=255) aCTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCAGGCGCAGGTGCgg < 2:2169767/150‑1 (MQ=255) tCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCggggg < 2:6424836/150‑1 (MQ=255) tCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCggggg < 2:3337910/150‑1 (MQ=255) cGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCgggggg < 1:2905622/150‑1 (MQ=255) gCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGt > 1:4890923/1‑150 (MQ=255) tGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGc < 2:114938/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCtcaagg < 2:2101774/150‑6 (MQ=255) ttGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCaa > 2:4598840/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCaa > 2:4256199/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCAACCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCaa > 2:6851168/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCAAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGt < 1:6599127/150‑1 (MQ=255) cAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACg > 2:2671433/1‑150 (MQ=255) aGATCCGGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGTTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAgctcaag < 2:4985429/150‑7 (MQ=255) cTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTAc > 1:3702984/1‑150 (MQ=255) tGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACg > 1:939821/1‑150 (MQ=255) tGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACg > 2:2419851/1‑150 (MQ=255) tGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACAGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACg < 1:5203697/150‑1 (MQ=255) tgCATAGCCATCCAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCTGGGTAACTGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCGTGCAGTTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGt < 2:200007/149‑1 (MQ=255) ggCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGt < 1:2203366/150‑1 (MQ=255) 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gTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGGAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTa > 1:1484953/1‑150 (MQ=255) cGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAAc < 2:6102344/150‑1 (MQ=255) cTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGa > 2:76330/1‑150 (MQ=255) cTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGa < 1:5414401/150‑1 (MQ=255) gCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGTTGTATTCGGCGTAACGAATGc > 1:6253931/1‑150 (MQ=255) cACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGcc > 2:6992113/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCt > 2:6800411/1‑150 (MQ=255) gCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCCGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGc < 1:2469773/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCa < 2:5516281/150‑1 (MQ=255) gTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCaa > 1:3472813/1‑150 (MQ=255) 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cTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGATAAGc > 1:3791374/1‑150 (MQ=255) | AGGTTTGGCGCACTTCGCAGGTACTGTTGGCGCAGATCCTGGGCATAGCCATACAGCGCCTTGTCGCTTTGCACGTCATGGCGGTCAGGGTAACGGCGCTGCAGGTATTCACCCAGGCGGTCGCTGTCGATCATCTGCCGCACCTGCGCCTGCAGGTGCGGGGGGTAGGCTTGCAAGTAACGTAGTACGGTCATGGCGCTGTATTCGGCGTAACGAATGCCGATTCTAGCCAATCACGGCCCTGGCCAGGAGAAAATTGCCGGGAAGCCGCTAGCGTCAGTCGCGGTCATCGGATAAGC > NC_002947/5653833‑5654131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |