Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,657,963 | A→T | 12.8% | intergenic (‑64/+97) | PP_4961 ← / ← PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,657,963 | 0 | A | T | 12.8% | 660.4 / 62.2 | 265 | intergenic (‑64/+97) | PP_4961/PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (120/94); new base T (7/29); total (129/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCAG > NC_002947/5657814‑5658110 | ttGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACa < 1:6514435/150‑1 (MQ=255) ttGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACa < 2:634900/150‑1 (MQ=255) gTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGt < 2:3010461/150‑1 (MQ=255) tCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTg < 1:1476316/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAACAGCGCTTTCATTCAGTGTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 2:4180356/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTCCAGTGCa > 2:5212571/1‑150 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 2:6552533/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGGTTCCTCGATGTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 1:5807624/150‑1 (MQ=255) ccGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGt < 1:3878241/150‑1 (MQ=255) cGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGtc > 2:543887/1‑150 (MQ=255) gggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGGAGtctg > 1:4064424/1‑149 (MQ=255) ccGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgt < 1:6261747/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgt < 2:2838693/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgt < 1:5270752/150‑1 (MQ=255) ggctGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 2:755118/147‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 2:218700/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 2:6857686/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 2:2658180/150‑1 (MQ=255) 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2:3564735/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCGGGTGGTCTtcg > 2:2678749/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGAACACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACACGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTtcg > 1:559765/1‑150 (MQ=255) gCTCCCACTGTTACAGTGCAGTCTCTGTGGGCGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTtcgtc < 1:3200589/150‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTcgtcgt > 1:4947949/1‑150 (MQ=255) accaacaGGTACAGGGCCGTCGCTGTCGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGCCCCCTTCTACAAGACCACGAATCAACGTACAGGGTGCCAATTACCCGATCAAGGGCAACCCCGCGCCATGCGCTGGTGGTcgtcgtcgt > 2:4502934/5‑150 (MQ=255) 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cacaGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACt > 2:7100337/1‑150 (MQ=255) acaGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACtt > 2:7427617/1‑150 (MQ=255) acaGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACtt > 2:2005326/1‑150 (MQ=255) gTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGACTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTcc < 2:4119166/150‑1 (MQ=255) aCAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCAg < 2:7287768/150‑1 (MQ=255) | TTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCAG > NC_002947/5657814‑5658110 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |