| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,940,562 | C→G | 6.7% | S193W (TCG→TGG) ‡ | fau → | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,940,562 | 0 | C | G | 6.7% | 892.1 / 33.9 | 272 | S193W (TCG→TGG) ‡ | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (136/117); new base G (4/15); total (140/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GGGCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAG > NC_002947/5940413‑5940711 | gggCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGtctc < 1:330139/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCgg > 1:355456/1‑150 (MQ=255) cGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGa < 2:2300290/150‑1 (MQ=255) 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ggCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAgcggc < 2:3128695/150‑1 (MQ=255) gCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCggg < 1:947478/150‑1 (MQ=255) gCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCggg > 2:6115660/1‑150 (MQ=255) aaaCCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCggggg > 2:5100946/1‑150 (MQ=255) aaaCCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAAGGCCAGAAGGTCGAGCGGCGGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCggggg < 1:4629990/150‑1 (MQ=255) 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tGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCa < 1:7400698/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAAc < 1:5353210/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGGCCCGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCgg < 2:2106229/150‑1 (MQ=255) tGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGt > 1:2683852/1‑150 (MQ=255) gctgggCCCGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCGGGCGCCACGTTGAGGGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGGGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTa < 1:3280183/147‑1 (MQ=255) 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GGGCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAG > NC_002947/5940413‑5940711 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |