| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,989,449 | T→C | 26.2% | intergenic (+40/+49) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,989,449 | 0 | T | C | 26.2% | 340.5 / 143.4 | 217 | intergenic (+40/+49) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/80); new base C (22/33); total (98/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-04 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAG > NC_002947/5989304‑5989597 | aTCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCt < 2:6881511/150‑1 (MQ=255) tCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCACTTCGCGGGTAAAACCCCGCCAACCGTCGGcgg > 1:6930798/1‑148 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 2:146229/150‑1 (MQ=255) 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cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:3125282/1‑150 (MQ=37) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTggg < 1:2036451/113‑1 (MQ=25) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTggg > 2:2036451/1‑113 (MQ=25) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:5280695/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:1125305/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:5870753/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:333002/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:1599544/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:872387/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:6316232/1‑150 (MQ=37) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:5189006/1‑150 (MQ=37) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGAGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGAGAGTCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:3315130/1‑150 (MQ=37) cGCTCATACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCTCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTCTACAACAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGCTTACACAGCCCTACGAAGTc > 2:4773372/1‑150 (MQ=255) gccccTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 2:3812247/4‑150 (MQ=255) ctcctcCGGTGGGCTGTGGGGGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGt < 1:1953950/150‑1 (MQ=39) tCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt > 1:7254460/1‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:2648699/1‑150 (MQ=255) ggTGGGGTGTCGGGGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa < 1:7050461/150‑1 (MQ=38) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa > 2:6435977/1‑96 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa > 2:5173929/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg > 1:4516017/1‑150 (MQ=255) | GATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAG > NC_002947/5989304‑5989597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |