| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,989,460 | G→A | 23.6% | intergenic (+51/+38) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,989,460 | 0 | G | A | 23.6% | 402.1 / 130.1 | 212 | intergenic (+51/+38) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/84); new base A (20/30); total (98/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGT > NC_002947/5989313‑5989609 | cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 2:5739155/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:1271858/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:4087667/150‑1 (MQ=255) 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ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:333002/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:872387/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg > 1:2673264/1‑111 (MQ=25) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt < 2:70016/148‑1 (MQ=38) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGAGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGAGAGTCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:3315130/1‑150 (MQ=37) ctcctcCGGTGGGCTGTGGGGGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGt < 1:1953950/150‑1 (MQ=39) tCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGtt > 2:4757363/1‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtca > 2:743644/1‑87 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 1:6290620/1‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:2648699/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa > 2:6435977/1‑96 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa < 1:6435977/96‑1 (MQ=255) ggTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCa > 2:5173929/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg > 1:4516017/1‑150 (MQ=255) ggCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa > 1:927645/1‑92 (MQ=255) gCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTcgc > 1:5554528/1‑150 (MQ=255) tGTAGGGGTGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatca > 2:3175452/1‑79 (MQ=255) tGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCgg < 2:5022145/150‑1 (MQ=255) tggggggGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGc < 1:2068189/149‑1 (MQ=255) gggCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAg > 2:100814/1‑150 (MQ=255) | TTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGT > NC_002947/5989313‑5989609 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |