| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,018,841 | 0 | G | A | 20.5% | 246.0 / 57.3 | 112 | intergenic (+41/+69) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/58); new base A (14/9); total (45/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GAAGTCGTTCCAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCA > NC_002947/6018692‑6018989 | gaAGTCGTTCCAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTg < 2:5805445/150‑1 (MQ=255) aaGTCGTTCCAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgc < 1:1460693/150‑1 (MQ=255) cGTTCCAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGTGCACGCCCGCTCCCACAGGTgcagca < 1:5577513/150‑1 (MQ=255) 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cacaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCa > 2:665414/1‑150 (MQ=25) cacaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCa > 2:3851060/1‑150 (MQ=25) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 1:2902687/1‑139 (MQ=255) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc < 2:2902687/139‑1 (MQ=255) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 2:2312394/1‑150 (MQ=255) acaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 1:7441914/1‑150 (MQ=25) acaGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCaa > 2:6517192/1‑150 (MQ=25) caGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAAc > 1:3944534/1‑150 (MQ=255) gTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGc > 1:2358168/1‑150 (MQ=255) tGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCa > 1:5603914/1‑150 (MQ=255) tGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCACGCGAATGGCCGCAACCCTATTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTTGTAAAGTTCTACTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTgaa > 2:2278920/1‑148 (MQ=255) | GAAGTCGTTCCAGGGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCA > NC_002947/6018692‑6018989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |