| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 478,339 | 0 | G | T | 5.4% | 613.4 / 3.1 | 199 | intergenic (+84/+26) | PP_0393/cca | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/67); new base T (2/14); total (118/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.73e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGT‑GCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAGCCCGGCTTGCACCAACGGCTTCACATCCACCGCTCGCG > NC_002947/478190‑478477 | gtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGT‑GCCCCCTGTAGGAGCggg > 2:7269602‑M1/75‑150 (MQ=255)gtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGT‑GCCCCCTGTAGGAGCggg > 2:2624090‑M1/75‑150 (MQ=255)cAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGT‑GCCCCCTGTAGGAGCggg < 1:7342061/150‑1 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ggCCCCGGGGGCTTTTGTGTGGGGGGGTTTGCTGTTGACGCCGTTTTTAGGCTTTTTCGGCCTCTTGGGGGGTAAACCCGCTCCTCCGACGGGCTGAGCCCAACCTCTTTTGTGT‑GCCCCGTTTAGGAGGGGGTTTA‑CCCGCTAAGAGGc < 2:507131/150‑1 (MQ=255) gCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCGTCGCGGGGGAACCCCCCCCCACCACCGGCGGGGCCCCACCCCCGAGGGGT‑GCCCCCCGGAGGGGCGGGGGTA‑CCCCCGCAGCGGcc > 1:2098520/1‑150 (MQ=255) cccGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTTAAACCGCGCCGACGACGGGCGGAGCCCAACCGCTGATGTGT‑GCCCCCTGGAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGt > 2:24242/1‑150 (MQ=255) gggCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGCCGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGCCGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGT‑GCCCCCTGTAGGCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGTAGGt < 2:4814094/149‑1 (MQ=255) cTTTGAGTGCCGCGGGTTGAAGTTGACGCCCGATTGACCCTGTATCGGCATCTTCGCGGTAAAACCCGCTCCTACGACGGGCTTACCCCAACAACTCATGTGT‑GCCCCCTGAAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTaa < 2:3022741/150‑1 (MQ=255) 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CAGATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGT‑GCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTTGAGTGCTTCGCCCAGTGCCTGACCGGTCAGCCCGGCTTGCACCAACGGCTTCACATCCACCGCTCGCG > NC_002947/478190‑478477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |