| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 524,174 | C→G | 6.3% | intergenic (+38/‑778) | tyrS → / → PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 524,174 | 0 | C | G | 6.3% | 650.3 / 4.1 | 219 | intergenic (+38/‑778) | tyrS/PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/128); new base G (4/13); total (78/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
AAAGTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGAC > NC_002947/524026‑524323 | aaaGTTGATGGTGCAGTGGTCGAAAAGGACTTCATGTTTGTCCTTTGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCg < 2:3772687/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCGGTa > 2:4598252/1‑150 (MQ=255) gTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGCGGCCggga > 2:3276252/1‑148 (MQ=255) 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AAAGTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGAC > NC_002947/524026‑524323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |