| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 524,178 | A→T | 9.6% | intergenic (+42/‑774) | tyrS → / → PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 524,178 | 0 | A | T | 9.6% | 482.2 / 4.0 | 212 | intergenic (+42/‑774) | tyrS/PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/117); new base T (7/11); total (77/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATT > NC_002947/524029‑524326 | gTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGGGGCCGGTa > 2:4598252/1‑150 (MQ=255)gTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTa < 1:5932323/150‑1 (MQ=255)gTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTa < 2:1149122/150‑1 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gggAGGCCGGTAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGc > 1:6522225/1‑150 (MQ=255) gcggCCGGTCGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGGGGGTGCTGTTGTCG‑GGGGAGGGGGCTGTTGTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCtt < 1:1818401/148‑1 (MQ=21) gAGGCCGGTAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCtt < 2:5688090/150‑1 (MQ=255) gAGGCCGGTAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCtt > 2:4202377/1‑150 (MQ=255) aGGCCGGTAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTga > 1:3166807/1‑89 (MQ=255) 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tAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACAtt > 2:1364115/1‑150 (MQ=255) | GTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGAGGCCGGTAGGCCTCCCCGC‑TTTG‑TTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAG‑GGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTT‑‑GGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATT > NC_002947/524029‑524326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |