Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 648,290 | A→C | 7.6% | intergenic (+56/+35) | acoR → / ← accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 648,290 | 0 | A | C | 7.6% | 750.1 / 17.8 | 233 | intergenic (+56/+35) | acoR/accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/121); new base C (18/4); total (108/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.28e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CTGATGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCG > NC_002947/648143‑648439 | cTGATCCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTAACGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGACCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGcaca < 1:1538312/150‑1 (MQ=255) aggCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAggg < 1:5166959/148‑1 (MQ=255) cGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAACACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCg < 1:6605412/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCggg < 2:1662835/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCggg < 2:582095/150‑1 (MQ=255) cACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTGCCgggg < 2:5224096/150‑1 (MQ=255) gggCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCCCCACCCGGCCCCCCAATCTGGGAGGGCAAAAAAAAAAACC‑GCCCACGGCCgggggtg > 1:993109/1‑147 (MQ=255) ggCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCt < 2:1530981/150‑1 (MQ=255) gCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTg < 1:336505/150‑1 (MQ=255) gCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTg < 2:3784215/150‑1 (MQ=255) cTTTGGGCTTTTCGCGGGCGACGCTTTTTCGGCGAGTGCATGAGCACGGAATCGAGATGCCGCGGATGAAGGGGTATAGCCGTGGGGCCGGGAGGCGGCCCCTGATTCTTGAA‑GGCAGTAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCttg < 2:2501019/150‑3 (MQ=255) cTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCCACCCGGCCCCCCATTGTTGCA‑GGCCATAAAAAAACCCCGCCCCCGGCCgggggtgggg > 1:535745/1‑144 (MQ=255) tttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGt < 1:4900728/150‑1 (MQ=255) tGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTATGGCA‑GGCAATAAAAAAACCCCGCACACGGCCGGGGTTGTGGTAc > 2:4597310/1‑150 (MQ=255) ggCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGGGTCGGGGGCCCAGATTGTTGGA‑GGGAATAAAATTAACCGGCACAGGGGCGGGGTTGTTGTTCAt > 2:5462508/1‑150 (MQ=255) gCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGGCCCGGCCCCAGATTCAGGCA‑GGGCATAAAAAAACCCCGCACACGGCCGGGGTTCGGGTTCATc > 1:6128406/1‑150 (MQ=255) tttCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATcaca < 2:4530485/150‑1 (MQ=255) tttCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATcaca < 1:7036726/150‑1 (MQ=255) 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2:3641892/1‑150 (MQ=255) tCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCa < 2:6333621/150‑1 (MQ=255) ggca‑ggcaATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCg > 1:2876897/1‑150 (MQ=255) a‑ggcaATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGa > 2:6886754/1‑150 (MQ=255) ggcaATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGAt < 2:5183063/150‑1 (MQ=255) gcaATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATg < 2:6575041/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGa < 2:2817382/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGa < 1:1912342/150‑1 (MQ=255) ccGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTcgcg > 2:2341978/1‑124 (MQ=255) cGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGcc > 2:2108753/1‑150 (MQ=255) ggCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCa > 2:5426734/1‑95 (MQ=255) ggCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCa < 1:5426734/95‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |