| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 718,462 | A→C | 6.2% | intergenic (+29/+48) | thiO → / ← PP_0613 | FAD‑dependent glycine/D‑amino acid oxidase/amidase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 718,462 | 0 | A | C | 6.2% | 573.0 / 2.4 | 215 | intergenic (+29/+48) | thiO/PP_0613 | FAD‑dependent glycine/D‑amino acid oxidase/amidase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/97); new base C (3/16); total (95/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GCATTATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCTCCTACGCGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGC‑TTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGCCCGGCCACCAC > NC_002947/718313‑718611 | gCATTATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCTCCTa < 1:5126767/150‑1 (MQ=255) cATTATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCTCCTAc < 2:448028/150‑1 (MQ=255) ttATCGCAATGGGCTGGTGCTGGCGCCGGCTTCGTGCCAGCTGTTTACCGATTTGCTGACAGGGGCCGAGCCGATTATCGACCCGGCGCCGTATGCGCCAGAAGGGCGTTTGGGCTGAGGACCTCTTCGC‑GGGTAAA‑CCCGCTCCTAcgc > 2:2989835/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) a‑CCCGCTCCTACGCGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGC‑TTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGcc > 1:6034539/1‑150 (MQ=255) a‑CCCGCTCCTACGCGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGC‑TTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGcc > 1:454206/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGC‑TTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGccc > 1:7353962/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCCAGTAATCGGTGC‑TTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGccc > 1:282738/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGCAGAAGCCAATACAGATTTCAGCAAGTAATCGGTGC‑TTGCAGGTGCCGGCTCGGATAATGCTGCTCATACACCTTGCACACCCGCAGCACTTGCTCATCAGCAAAGCGccc > 2:2806990/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |