| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 964,480 | T→C | 6.4% | L95L (TTG→CTG) ‡ | phnE → | phosphonate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 964,480 | 0 | T | C | 6.4% | 1004.3 / 36.4 | 313 | L95L (TTG→CTG) ‡ | phnE | phosphonate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (179/113); new base C (13/7); total (193/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
GTCAGCAGATTGCCAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTGCGCCTGCCGGTGCGTGGGCTACTGATTTTCCTGCGTAGCGTGCCGGAAATCGTCTGGGCGTTGCTGTTCGTGCGC > NC_002947/964331‑964629 | tCAGCAGATTGCCAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCtt > 1:290739/1‑150 (MQ=255) agcagATTGCCAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGTTTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGc > 1:6010158/1‑150 (MQ=255) gcagATTGCCAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCt < 1:2805090/150‑1 (MQ=255) cagATTGCCAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTg < 1:2545851/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGcc > 1:1295071/1‑150 (MQ=255) ccAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCCAGCAagccagcc < 1:7239493/150‑1 (MQ=255) cAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCg > 2:6077549/1‑150 (MQ=255) gCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCCAGCAAGCCAGCCggg < 1:1455625/150‑3 (MQ=255) cTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCACGGCTGGCCAGCAAGCCAGCCggga < 1:1650350/150‑4 (MQ=255) ccAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGt < 2:2508340/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTc > 1:998310/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTc > 2:2111231/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTc > 2:2156882/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTc > 2:4785352/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTc > 2:5782220/1‑150 (MQ=255) cgcCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCtt < 1:4987605/150‑1 (MQ=255) ccTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGc < 2:5605856/150‑1 (MQ=255) ccTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGc > 1:5941243/1‑150 (MQ=255) ttCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGt < 2:4040765/150‑1 (MQ=255) ttCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGt > 2:244383/1‑150 (MQ=255) acTGGCCGCCGGCACAAGATGCCGATTTTCTTGCACTGCAGAATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGCCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCCGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCgag < 2:6425807/149‑3 (MQ=255) tGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGtgct > 1:1509740/1‑150 (MQ=255) ccgccgGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTgctgct > 1:5547619/1‑150 (MQ=255) gccgGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTc > 1:1064637/1‑150 (MQ=255) tctgacggatgCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCAcg > 1:91074/8‑150 (MQ=255) ggCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCAcg > 2:6674508/1‑150 (MQ=255) acaTGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACgcgg > 2:1727455/1‑150 (MQ=255) atgCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCggcgggc < 1:827449/150‑1 (MQ=255) atgCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCggcgggc > 2:4596732/1‑150 (MQ=255) gATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGcgggcc > 1:6773012/1‑150 (MQ=255) gATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGcgggcc > 2:6203616/1‑150 (MQ=255) gATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGcgggcc > 2:1360942/1‑150 (MQ=255) ttttCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGcgggccgg < 2:5018427/150‑1 (MQ=255) tttCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGcgggccggg < 2:4909728/150‑1 (MQ=255) ttGCACTGCTGTATGTAGCTAGCTTGCAGACCGTGGCCGTGGCGAGTGCCGGCATGGCGGTGGGGTTGTTGTTGGCGATCCCGGGTGGCTTGCTGGCGAGCCGTGCGTTGTGCTTGCGTGCTGCTTCTGGCGGCGGGCGGGGCGGGgtct > 2:3999669/1‑150 (MQ=255) tGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTg < 2:4715931/150‑1 (MQ=255) cACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGt > 2:3017365/1‑150 (MQ=255) cACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGGTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGt > 2:639259/1‑150 (MQ=255) tgctgTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCggcgggcg > 1:3587917/1‑133 (MQ=255) tgctgTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTcgc > 1:5828522/1‑150 (MQ=255) tgctgTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTcgc < 2:5347500/150‑1 (MQ=255) ctgTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCACGGCTGGCCAGCAAGCCAGCCgggatc < 1:4233301/100‑6 (MQ=37) ctgAATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGa > 2:2966773/1‑150 (MQ=255) tATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTg > 2:2760212/1‑150 (MQ=255) tGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGtt < 2:3699750/150‑1 (MQ=255) gAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTg > 1:4335395/1‑150 (MQ=255) aaGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTgc < 1:5396315/150‑1 (MQ=255) aaGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTgc < 2:4835444/150‑1 (MQ=255) tACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTGCGCCt < 2:3619119/150‑1 (MQ=255) 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gcGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCAGGTCGCGACTGTTGCGCCTGCCGGTGCGTGGGGTACTGATTTTCCTGCGTAGCGTGCCGGAAATCGTCTGGGCGTTGCTg > 2:2060737/2‑150 (MQ=255) acGGCTGGCCAGCAAGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTGCGCCTGCCGGTGCGTGGGCTACTGATTTTCCTGCGTAGCGTGCCGGAAATCGTCTGGGCGTTGCTg > 2:696085/2‑150 (MQ=255) gctggctTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTGCGCCAGCCGGTGCGTGGGCTACTGATTTTACTGCGTAGCGTGCCGGAAATCGTCTGGGCGATGCTGTTc > 1:4741270/1‑150 (MQ=255) tggctTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTGCGCCTGCCGGTGCGTGGGCTACTGATTTTCCTGCGTAGCGTGCCGGAAATCGTCTGGGCGTTGCTGTTCGt < 1:5399035/150‑1 (MQ=255) tggctTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTGCGCCTGCCGGTGCGTGGGCTACTGATTTTCCTGCGTAGCGTGCCGGAAATCGTCTGGGCGTTGCTGTTCGt > 2:5459508/1‑150 (MQ=255) | GTCAGCAGATTGCCAGCTTCACCAGCGCCTTCTGGCCGCCGGCACATGATGCCGATTTTCTTGCACTGCTGTATGAAGCTACCTTGCAGACCCTGGCCGTGGCGACTGCCGGCATGGCGCTGGCGTTGTTGTTGGCGATCCCGGCTGGCTTGCTGGCCAGCCGTGCCTTGTCCTTGCGTGCTGCTTCACGCGGCGGGCGGGCCGGGCTCTGGTCGCGACTGTTGCGCCTGCCGGTGCGTGGGCTACTGATTTTCCTGCGTAGCGTGCCGGAAATCGTCTGGGCGTTGCTGTTCGTGCGC > NC_002947/964331‑964629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |