Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,050,217 | T→C | 5.5% | intergenic (+38/+68) | PP_0905 → / ← PP_0906 | hypothetical protein/RND family multidrug transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,050,217 | 0 | T | C | 5.5% | 1145.5 / 33.0 | 347 | intergenic (+38/+68) | PP_0905/PP_0906 | hypothetical protein/RND family multidrug transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (137/190); new base C (14/5); total (151/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.26e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
GTGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAAACAA > NC_002947/1050068‑1050365 | gcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCgg < 2:4783505/150‑1 (MQ=255) gcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCgg < 1:1039194/150‑1 (MQ=255) gcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCgg < 2:6078566/150‑1 (MQ=255) gcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCgg > 2:5261837/1‑150 (MQ=255) gcgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCgg < 1:5227301/150‑1 (MQ=255) cgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCggg < 2:5216659/150‑1 (MQ=255) cgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCggg < 1:259213/150‑1 (MQ=255) cgTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCggg < 2:4832542/150‑1 (MQ=255) 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gATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGttt > 1:4219349/1‑150 (MQ=255) tGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGttttt > 1:6053754/1‑150 (MQ=255) gCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGtttttt < 1:4185035/150‑1 (MQ=255) cAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTg > 1:2095276/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCt < 2:201045/150‑1 (MQ=255) 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cagGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCg < 2:5113542/150‑1 (MQ=255) agGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCgg < 2:592303/150‑1 (MQ=255) agGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCgg < 2:3011081/150‑1 (MQ=255) agGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCgg > 1:3220189/1‑150 (MQ=255) agGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCgg > 1:1516743/1‑150 (MQ=255) ggCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGc < 2:197148/150‑1 (MQ=255) gCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGcc < 2:6889373/150‑1 (MQ=255) gCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGcc > 2:2736053/1‑150 (MQ=255) gCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGcc > 2:2895361/1‑150 (MQ=255) cccGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCct > 1:833270/1‑150 (MQ=255) ccAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCa > 1:5946636/1‑150 (MQ=255) cAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAg > 1:2463069/1‑150 (MQ=255) aGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAgc < 1:6904165/150‑1 (MQ=255) cAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAgcccgc < 1:2689411/150‑1 (MQ=255) aGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAgcccgcc < 1:364644/150‑1 (MQ=255) 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ccTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAg < 2:436755/150‑1 (MQ=255) ccTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAg < 2:6280100/150‑1 (MQ=255) ccTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAg > 1:4423661/1‑150 (MQ=255) tGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCg > 1:1091439/1‑150 (MQ=255) gTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCgg > 2:4145198/1‑141 (MQ=255) tGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTg > 1:3950665/1‑150 (MQ=255) ggCGTGCGTAAAGGGTTGCGGTCACAGTGATGAACCGTGCGTTAGCTGTAAAATCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGTTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCGTCTTCGCGGTCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGc < 1:6563099/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAg < 1:3316647/150‑1 (MQ=255) cTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAgg > 1:3527247/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGcc > 2:2102685/1‑150 (MQ=255) 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gAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACgg < 2:4354438/150‑1 (MQ=255) aaaaaACCAAAGGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACgg > 1:7328685/2‑150 (MQ=38) aaGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCaa > 2:6497874/1‑150 (MQ=255) gCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAaca < 1:2153079/150‑1 (MQ=255) gCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAaca < 2:1516743/150‑1 (MQ=255) ccAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCCGGGTGTAGATGCACGGCAacac > 2:5544589/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAacac > 1:6668471/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAacac > 1:5004459/1‑150 (MQ=255) caaagGCCCCGCAATCGCGAGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAAcaca > 2:75044/4‑150 (MQ=255) cAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAAcaca > 2:4600801/1‑150 (MQ=255) cAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAAcaca > 2:5967529/1‑150 (MQ=255) agagGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCcag > 2:1870780/1‑124 (MQ=255) agagGCCTCGCGAGTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaa < 2:5287455/150‑1 (MQ=255) aaagGCCCCGCAATCGCGAGGCCTCTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaa > 2:3230727/3‑150 (MQ=255) aagGCCCCGCAATCGCGAGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACacaaa > 1:2249225/2‑150 (MQ=255) 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tCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGt > 1:4467011/1‑150 (MQ=255) gcgATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTaa > 1:6306514/1‑150 (MQ=255) | GTGCGCGTTGCCGCGGGATGCAAAACCGCAGCAGCAGGCCCGGAGCGAGCCAGACCAGGACCTTTTGCTGTTCCTGTTTGGCCTGCGTCAAGGGTTGCGGTCACAGGGATGAACCCTGCGTTAGCTGGAAAAGCCAGAGGCCTCGCGATTGCGGGGCCTTTGGTTTTTTGCGTCTGCCTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAGCCCGCCCCAAGGTCGGTTCAAGCGATTGCAGGTGCCTTGGCGCTCGCCTTGTGCGCCAGCAGGGTGTAGATGCACGGCAACACAAACAAGGTAAACAA > NC_002947/1050068‑1050365 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |