| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,107,601 | A→C | 10.0% | K30T (AAG→ACG) | ttg2E → | toluene‑tolerance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,107,601 | 0 | A | C | 10.0% | 688.3 / 4.1 | 239 | K30T (AAG→ACG) | ttg2E | toluene‑tolerance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (135/71); new base C (3/30); total (138/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.40e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GGGCCGGCGAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGTGCGT > NC_002947/1107452‑1107749 | gggCCGGCGAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCgcaa < 2:6279010/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCgcaagc > 1:2102593/1‑150 (MQ=255) cGGCGAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCgcaagcaa > 2:5094291/1‑150 (MQ=255) 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ggccaaggccaaGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTg < 2:131176/150‑1 (MQ=255) gccaaggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGc < 2:2477336/150‑1 (MQ=255) caaggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTg > 1:1252577/1‑150 (MQ=255) caaggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTg > 2:2865070/1‑150 (MQ=255) aaggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGa > 1:285340/1‑150 (MQ=255) 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cgcccgccgGGGCCCGGCCTGGCGAACCCACGGCATGGTGGTGCTCGCG‑GGCGCGCGCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGc < 2:186739/147‑1 (MQ=255) tACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGcc > 1:1674915/1‑150 (MQ=255) tACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGcc > 1:2796385/1‑150 (MQ=255) cGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCAca > 2:1468332/1‑149 (MQ=255) gCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCa > 1:410730/1‑150 (MQ=255) ggccgggcgTTGCGCACGCACGGCTGGGTTCTTCTCGCG‑GGCGCGCGCCCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGACGCTCAGGCCACTGGCAAg < 1:3466036/150‑1 (MQ=255) ggcccggccTTGCGCAAGCATGGCATGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAg < 2:697193/150‑1 (MQ=255) ggcccggccTGGCGCAAGCCGGTCTTGTGGCTGTTGGCG‑GGCGCGCGCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGACGCTCAGGCCACTGGCAAg < 1:6401149/150‑1 (MQ=255) ccggccTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCg > 1:5732538/1‑150 (MQ=255) ccggccTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCg > 2:4678905/1‑150 (MQ=255) cggccTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGt > 2:6671702/1‑150 (MQ=255) cggccTTGCCCACGCATGTCATGGTGGTTCGCGCG‑GGCTCGCGCCCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGt < 1:2960243/150‑1 (MQ=255) cTTGCGAAACCACGGCTTGGTGCGTATCGTG‑GGCGCGCGCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGa < 2:5749936/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAg > 1:1329166/1‑150 (MQ=255) ttGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAg > 1:6554015/1‑150 (MQ=255) gcgcACGCATGGCATGGTGTTGATCGTG‑GGCTCGCCCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGt < 2:2043877/150‑1 (MQ=255) cgcAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGTg > 1:4586960/1‑150 (MQ=255) | GGGCCGGCGAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGAT‑GGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGTGCGT > NC_002947/1107452‑1107749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |