Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,463,073 | T→G | 5.1% | intergenic (+17/+23) | PP_1276 → / ← algA | hypothetical protein/mannose‑6‑phosphate isomerase/mannose‑1‑phosphate guanylyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,463,073 | 0 | T | G | 5.1% | 954.5 / 28.6 | 272 | intergenic (+17/+23) | PP_1276/algA | hypothetical protein/mannose‑6‑phosphate isomerase/mannose‑1‑phosphate guanylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (132/126); new base G (7/7); total (139/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
ACTCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGATCTC > NC_002947/1462927‑1463221 | aCTCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAg < 1:1207618/150‑1 (MQ=255) tCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGcc > 2:4413598/1‑150 (MQ=255) tCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGcc > 2:5590701/1‑150 (MQ=255) 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aTCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGAt > 2:675747/1‑150 (MQ=255) tACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTc > 1:3670866/1‑150 (MQ=255) cGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCAt < 1:3035276/150‑1 (MQ=255) gTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATc > 1:654190/1‑150 (MQ=255) gTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATc > 2:4132331/1‑150 (MQ=255) cccGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCa < 2:6824217/150‑1 (MQ=255) ccGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAg > 1:6621425/1‑150 (MQ=255) cGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAgg < 2:3061284/150‑1 (MQ=255) aGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTa < 2:6416052/150‑1 (MQ=255) gCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAg < 1:2610396/150‑1 (MQ=255) ttGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTc < 1:1636037/150‑1 (MQ=255) ttGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTc < 1:7221723/150‑1 (MQ=255) gAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTccc < 2:2639520/150‑1 (MQ=255) gCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTg < 2:6551133/150‑1 (MQ=255) cAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGc < 2:5079532/150‑1 (MQ=255) cTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCt < 1:2001665/150‑1 (MQ=255) tCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGAt > 2:1950342/1‑114 (MQ=255) tCGCCCCTGGGCTGACCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTgg < 2:77307/80‑1 (MQ=38) tCGCCCCTGGGCTGACCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTc > 2:2346262/1‑150 (MQ=255) gCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCga < 1:5497198/150‑1 (MQ=255) cccTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCgatg > 1:6953871/1‑150 (MQ=255) cccTGGGCTGACCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCgatg > 1:5158962/1‑150 (MQ=255) tGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGAtc < 1:5303357/150‑1 (MQ=255) tGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGAtc < 2:1201524/150‑1 (MQ=255) gTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGAtctc < 1:5590701/150‑1 (MQ=255) | ACTCGAAATGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGGCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGATGATCTC > NC_002947/1462927‑1463221 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |