| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,492,055 | A→C | 5.4% | intergenic (+115/+15) | yhdZ → / ← degS | amino acid ABC transporter ATP‑binding protein/serine endoprotease DegS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,492,055 | 0 | A | C | 5.4% | 643.8 / 18.3 | 201 | intergenic (+115/+15) | yhdZ/degS | amino acid ABC transporter ATP‑binding protein/serine endoprotease DegS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (126/56); new base C (7/4); total (139/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
AAGTTGTTCCTCAGCCAGATCCTGCATTGATGCTGTTTGGGCTGCGCGGCAGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTTAGCGCTGGCTTTGGAGCCTGCGTAATTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCAACGCGGCCCTGGGTTTATTTCTCTTCCTGGCTGGCAGCCGGCGCCGGTGGCGGCCGCAGCCCCACCTCGGCGATCAGCTTCAACTGCTGCCCGTTGCGCATCACCTCGATGGTTATCTTCTCGTTGGGCTTGATCCGCGCTACCTGGTT > NC_002947/1491911‑1492204 | ttgttCCTCAGCCCGATCCTGCATTGAGGCTGTTTGGGCTGCGCGGCCGCCCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCAGCGGTTTAGCGCGGGCTTTGGCGCCTGCGTAATCCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCAACGCGGcc < 1:2989134/150‑1 (MQ=255) cccccccccAGACCCTCCATTGATGCTGTTGGGGCTGCCCGGCAGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACCGTTTTAGCGCTGGCTTCGGAGCCGCCGTACTGCCTGGGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCAACGCGGCCCTgg < 1:4616138/143‑1 (MQ=255) tCAGCCAGATCCTGCATTGATGCTGTTTGGGCTGCGCGGCAGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTTAGCGCTGGCTTTGGAGCCTGCGTAATTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGCCGCAACGCGGCCCTGGGtt > 2:2293283/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |