| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,549,446 | G→T | 5.4% | intergenic (+14/+100) | mdfA → / ← ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,549,446 | 0 | G | T | 5.4% | 678.9 / 21.5 | 203 | intergenic (+14/+100) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/158); new base T (3/8); total (37/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GCTGCTGGCGATGATTGGCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGC > NC_002947/1549297‑1549585 | gctgctGGCGATGATTGGCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCGGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCggg < 2:3010358/150‑1 (MQ=255)gctgctGGCGATGATTGGCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCggg > 1:1556145/1‑150 (MQ=255)gcggcgggCGTTGTTGGGGGCCGGTGCCAGCTTGCTGCTTTTTGCGGGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGGGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCggg < 2:5774703/144‑1 (MQ=255) ctgctgGCTATGATTGGCGCCGGTGCAAGCTTGCTGAATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCgggg < 2:1582132/150‑1 (MQ=255) gtgGCGATGATTGGCGCGGGTGCCAGCTTGCTGCTTTTTGCCCGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGggcca < 2:5271273/149‑2 (MQ=255) cgggCGATGTTGGGCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTGGCCGGGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGggccg < 2:1994252/148‑1 (MQ=255) tgGCGATGATTGGCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGggccgg < 2:6656630/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTGGGCGCCGGTGCCCGCTTGCTGATTTTGGCCCTGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGggccggc < 1:6171823/150‑1 (MQ=255) 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ctgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGGCTCTTCG‑C‑‑GGGGAAACACGGTccaagac > 2:4979929/1‑145 (MQ=255) ctgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGGCTCTACG‑CCGGGGAAAACCCggccaaaa > 1:1624428/1‑143 (MQ=255) gctttgtGCCCTGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 1:4495561/144‑1 (MQ=39) gcATTTTGCCGTGGCGGGGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 1:4289062/150‑1 (MQ=255) gcATTTTGCCCTGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 1:4966076/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |