Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,549,449 | C→T | 6.5% | intergenic (+17/+97) | mdfA → / ← ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,549,449 | 0 | C | T | 6.5% | 620.4 / 22.3 | 203 | intergenic (+17/+97) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/156); new base T (5/8); total (37/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CTGGCGATGATTGGCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGC > NC_002947/1549301‑1549585 | gtgGCGATGATTGGCGCGGGTGCCAGCTTGCTGCTTTTTGCCCGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGggcca < 2:5271273/149‑2 (MQ=255) cgggCGATGTTGGGCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTGGCCGGGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGggccg < 2:1994252/148‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTGGGCGCCGGTGCCCGCTTGCTGATTTTGGCCCTGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGggccggc < 1:6171823/150‑1 (MQ=255) ggCGATTATGGGCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCTTTTTGCCCGGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGggccggc < 2:2075465/150‑1 (MQ=255) gttgttgggCGCCGGTGCCAGCTTGCTGCTTTTTGCCCTGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCctc < 1:6442549/143‑1 (MQ=255) gatgttGGGCGCGGGTGCCTGGTTGCTGCATTTTGCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCctc < 1:2960527/150‑1 (MQ=255) ttgttgggCGCCGGTGCCAGGTTGCTGCATTTGGCCCTGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCctct < 2:4616905/144‑1 (MQ=255) ttgatGGCCGCCGGTGCCAGCTGGCGCCATTTGGCCCGGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCGGTGGTTGGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGccccggcaata < 1:3087268/149‑5 (MQ=255) ctgatTGGCGCGGGGCCCAGTTTGCTGCATTTGGCCCGGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGCGTGGGCGGTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGGGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGccccggcaata < 1:7084030/149‑5 (MQ=255) gtttGGCGCCGGTGCCCGCTTGCGGCATTTTGCCCGGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTc < 2:7363713/148‑1 (MQ=255) tGGCGCCGGTGCCTGCTTGCTGCTTTTTGCCGGGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTcg‑c‑‑g < 2:4718607/150‑1 (MQ=255) ggggcCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTGGCCGTGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTGGGCGCGGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑gg < 1:4052258/147‑1 (MQ=255) ggCGCCGGGGCCCGCTGGCTGCATTGGGCCCTGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑gg < 2:558833/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑ggg > 2:3055806/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGTGCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑ggg < 2:1857891/150‑1 (MQ=255) cGGTGCCAGCTTGCTGAATTTTGCCCTGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTaaa < 1:116719/150‑1 (MQ=255) ggTGCCAGCTTGCTGAATTTTGCCGTGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAAc < 1:6029032/150‑1 (MQ=255) gcgcacgCTTGGGGCATTTGGCCGGGGCGGGGGGGGGGGCGGGGGCGTTGGGGCTGTGGCCGCGGGGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAAcc < 1:368754/144‑1 (MQ=255) tGCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAAacc > 2:5712472/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTTGCTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCg < 2:2435966/150‑1 (MQ=255) aGCTTGCTGAATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTc < 1:5270391/150‑1 (MQ=255) aGCTTGCTGAATTTGGCCTTGGGGGGGGGTGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTTTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTc < 1:6164688/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCTGCATTTTGCCGGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTc < 2:1054093/150‑1 (MQ=255) ggttGCTGCATTTGGCCGGGGCGGGGGGGGGGGCGGGGGCGTGGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTcc < 1:6311331/148‑1 (MQ=255) ttGGTGCTTTTTGCCCTGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:3944859/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCTTTTGGCGCGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:3253378/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCATTTTGCCCTGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:1457347/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCATTTGGCCCTGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:495701/150‑1 (MQ=255) ttGCTGATTTTTGCCCTGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTa < 2:3499582/150‑1 (MQ=255) gctgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGCCGTTGGCGCTGTGCCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTaca < 2:2241465/150‑1 (MQ=255) ctgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGGCTCTTCG‑C‑‑GGGGAAACACGGTccaagac > 2:4979929/1‑145 (MQ=255) ctgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGGCTCTACG‑CCGGGGAAAACCCggccaaaa > 1:1624428/1‑143 (MQ=255) gcATTTTGCCCTGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 1:4966076/150‑1 (MQ=255) 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gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 2:1238779/150‑1 (MQ=255) ggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAg < 2:1572703/150‑1 (MQ=255) ggggggggggCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 1:3173454/145‑1 (MQ=255) gggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑g < 1:1344144/149‑1 (MQ=37) gggggggggGTGGGGGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑C‑‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 1:1056391/147‑1 (MQ=38) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |