| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,549,483 | G→C | 38.5% | intergenic (+51/+63) | mdfA → / ← ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,549,483 | 0 | G | C | 38.5% | 242.2 / 282.0 | 223 | intergenic (+51/+63) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/90); new base C (35/51); total (82/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAG > NC_002947/1549336‑1549632 | ttttGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAA‑ACCGCGCCGACAAAGGgc > 2:6460995/1‑150 (MQ=255) tggCCCGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGGGGGGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACAGGgccg < 2:2971911/148‑1 (MQ=38) cccTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACAGGgccgcgc < 1:965222/150‑1 (MQ=39) 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ccTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgat > 1:5359661/1‑150 (MQ=37) cTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:1151361/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:904392/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:7140808/1‑150 (MQ=255) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCa < 1:6841206/142‑1 (MQ=37) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:4943846/1‑150 (MQ=37) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:6207726/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:3527644/1‑150 (MQ=255) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:2570086/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:6627208/1‑150 (MQ=37) caGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATCGCCCTGCAGTGGcatcaggaa < 1:6555587/150‑2 (MQ=38) aGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatc > 2:7169692/1‑150 (MQ=255) ggCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcaggatcag > 2:5550006/1‑150 (MQ=255) | TTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGATCAG > NC_002947/1549336‑1549632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |