| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,560,504 | T→C | 7.4% | N101D (AAC→GAC) | PP_1366 ← | transcriptional regulator MvaT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,560,504 | 0 | T | C | 7.4% | 1138.8 / 51.5 | 370 | N101D (AAC→GAC) | PP_1366 | transcriptional regulator MvaT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (197/135); new base C (16/11); total (219/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 377 total aligned reads displayed.
GGCAGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCG‑CCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTT‑CAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAATCACGTCGCGCA > NC_002947/1560355‑1560653 | aGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCG‑CCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTT‑CAGGGTCTTGTGGTTgcc < 2:105954/150‑1 (MQ=255) aGATAAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCG‑CCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTT‑CAGGGTCTTGTGGTTgcc < 2:3813228/150‑1 (MQ=255) aCAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCG‑CCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTT‑CAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCgtt > 1:5741099/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |